3. Programų diegimas ir konfigūravimas

3.1.1 Sparčiojo veikimo režimas

Dirbant duomenų analizės programomis, kai kurie veiksmai reikalauja didelių skaičiuojamųjų kompiuterio resursų. Jei įjungtas energijos taupymo režimas, skaičiavimai užtruks ilgiau nei reikėtų. Todėl atliekant analizę siūlau:

1. Išjungti energijos taupymą ir aktyvuoti sparčiojo veikimo (angl. high-performance) režimą. Taip skaičiavimai, paveikslų braižymas, didelių duomenų lentelių išsaugojimas bei panašūs veiksmai bus atlikti greičiau. Visgi žinokit, kad šiuo režimu kompiuteris vartoja daugiau energijos, ir dirbant „iš baterijos“ – greičiau išsikraus.
2. Dirbti prisijungus kompiuterio krovimo laidą. Dažnu atveju, kai laidas yra atjungtas (kompiuterį maitina tik baterija), automatiškai pradedami taupyti resursai ir tai lemia (per)ilgą skaičiavimų laiką. Žinoma, ir be krovimo laido galima aktyvuoti spartųjį režimą, bet tokiu atveju baterija išsikraus greičiau.

Windows 10

Kaip „Windows 10“ pasirinkti sparčiojo veikimo režimą

Pavyzdys, kaip operacinėje sistemoje „Windows 10“ pasirinkti sparčiojo veikimo režimą (planą), pateiktas pav. 3.1 bei šioje video medžiagoje (nuoroda).

Pav. 3.1: Pavyzdys, kaip sistemoje „Windows 10“ įsijungti sparčiojo veikimo režimą. Susiraskite baterijos piktogramą darbalaukio meniu juostoje (1) ir paspauskite ją dešiniuoju pelės klavišu (2). Atsidariusiame meniu pasirinkite „Power Options“ arba atitikmenį kita kalba (3). Atsidarys langas, kuriame susiraskite ir pasirinkite sparčiojo veikimo režimą (planą), pvz., (A). Mano kompiuteryje yra 2 šio tipo planai (A, B). Jei rodomi ne visi – spauskite (C).

Jei nėra reikiamo plano, jį susikurkite. Video pavyzdys (nuoroda).

Užduotis 3.1 Pasitikrinkite, ar mokate įjungti sparčiojo veikimo režimą. Gali būti, kad tokio veikimo planas jūsų kompiuteryje dar nėra sukurtas. Tokiu atveju pasirūpinkite tuo.

3.1.2 Svarbiausios pastabos

Kelios bendrosios pastabos prieš diegiantis programas:

Pastaba 1. Šiame skyriuje nurodytos programos yra visiškai nemokamos naudoti akademiniais tikslais.

Pastaba 2. Ši svetainė (ir joje esančios instrukcijos) orientuota į operacinės sistemos „Windows“ vartotojus. Kitų sistemų vartotojams kai kurios instrukcijos gali šiek tiek skirtis. Kartais gali būti duodami atskiri nurodymai, pvz., „Mac“ naudotojams arba tikimasi, kad pagal pagal pavyzdį kitų operacinių sistemų naudotojai atitinkamas instrukcijas susiras patys.

Pastaba 3. Diegiantis programas bei atliekant skaičiavimus procesai vyks žymiai greičiau, jei bus išjungtas kompiuterio energijos taupymas, įjungtas sparčiojo veikimo režimas (angl., high performance) bei prijungtas kompiuterio krovimo laidas (žr. poskyryje „Sparčiojo veikimo režimas“). Tad pratybų metu naudodami savo kompiuterį, prijunkite ir krovimo laidą.

Pastaba 4. Svarbu sistemai „Windows“. Aplankų, į kuriuos bus įdiegtos programos „R“, „RStudio“ bei „R“ paketai, pavadinimuose esančios raidės gali būti tik angliškos (taip vadinami ASCII simboliai), t. y., nei vienoje pavadinimo dalyje negali būti nei lietuviškų, nei rusiškų, nei kiniškų ar kitokių neangliškų simbolių:

• BLOGAI:
  • C:/ĄĄĄĄČĘ
  • C:/žurnalas/programos/R
  • C:/dokumentai/Žygimantas/R
  • D:/biostatistiką/R
• TINKA:
  • C:/AAAACE
  • C:/zurnalas/programos/R
  • C:/dokumentai/Zygimantas/R
  • D:/biostatistika/R

Įsidiegti pavyks, bet kils problemų dirbant. Tad pasirinkite tinkamą aplanko pavadinimą.

Pastaba 5. (Jei paketus diegiate pakartotinai ar atnaujinate). Kai nuspręsite diegti ar atnaujinti „R“ paketus, turėtumėte įsitikinti, kad tarp naujinamų paketų nėra užkrautų. Tai atliekama šitaip:

1. jei yra atidaryti keli programos „RStudio“ langai (pvz., keli projektai), visus kitus uždarykite ir palikite tik vieną.
2. jei dirbate iš „RStudio“ projekto, būtų saugiausia, jei jį uždarytumėte. Nes kartais užsikraunant projektui, automatiškai užsikrauna ir tam tikri paketai.
3. perkraukite programą „R“ (tai išjungia užkrautus paketus).

Pastaba 6. Jei nepavyksta atsisiųsti arba įdiegti kurios nors iš rekomenduojamų programų, įsitikinkite, kad:

• interneto ryšys yra stabilus, geriausia naudoti „laidinį internetą“, o ne WiFi,
• kietajame diske yra pakankamai vietos,
• antivirusinė programa neblokuoja parsisiuntimo ir diegimo procesų: galite apskritai diegimo metu laikinai sustabdyti antivirusą.

Pastaba 7. Jei diegiant paketus įvyko klaida, perskaitykite, ką programa „R“ parašė. Jei nesuprantate žinutės esmės ar nežinote sprendimo, naudokite „Copy-Paste-Google“ metodą (nukopijuokite klaidos žinutės esmę į „Google“ internetinės paieškos sistemą ir atsakymo ieškokite internete). Tai bene greičiausias būdas rasti sprendimą. Šis metodas veikia geriausiai, jei žinutės būna angliškos, o ne lietuviškos.

3.1.3 Diegimo ypatybės MacOS sistemoje

Žmonės, turintys „Mac“ kompiuterius, daugumą programų gali įsidiegti naudodami Terminalą („Mac“ komandų langą, angl. „terminal“) ir jo įrankį „Homebrew“:

1. Jei turite „Mac“ ir dar nežinote, kas yra Terminalas ir kaip jį įsijungti, skubiai susiraskite medžiagos internete (pvz., šis įrašas);
2. Atsidarykite Terminalą;
3. Jei neturite, per Terminalą įsidiekite įrankį „Homebrew“ (nuoroda).
4. Internete susiraskite komandas, kaip įsidiegti reikiamas programas:
   1. reikiamą programos pavadinimą parašykite „Homebrew“ svetainės paieškos laukelyje ir jums parodys, kaip įsidiegti, arba
   2. naudodami raktažodžius „brew install“ + reikiamos programos pavadinimą, pvz., „Google“ paieškoje įrašykite: brew install r (šiuo atveju jums suras komandą, kuri sutampa su paieškos raktažodžiais, bet taip bus ne visada: kitų programų diegimo komandos skirsis)

Aišku, galima diegti programas ne per komandų eilutę, o atsisiuntus instaliacines bylas (analogiškai kaip ir „Windows“ naudotojams).

Taip pat atkreipkite dėmesį, kad programos yra diegiamos per Terminalą, o „R“ papildiniai – per „R“ komandų langą „Console“ (t.y., per kitą komandų langą).

3.1.4 R vartotojo aplankas

Vartotojo profilio pavadinimo tikrinimas

„Windows“ vartotojai turi pasitikrinti, ar jų vartotojo profilio pavadinime yra tik angliškos raidės (t.y., tik ASCII simboliai). Kaip tai atlikti, parodyta pav. 3.2. Jei profilio pavadinime yra neleistinų (pvz., lietuviškų) simbolių, tada kils problemų. Norint jų išvengti reikia pasikeisti numatytąjį „R“ vartotojo aplanką (aplinkos kintamojo R_USER reikšmę).

Pav. 3.2: Vartotojo profilio pavadinimo tikrinimas. Paspauskite „Windows“ paieškos mygtuką (1) ir paieškos laukelyje įrašykite „cmd“ (2). Tarp rezultatų, priklausomai nuo sistemos kalbos, atsiras rezultatas „Komandinė eilutė“ arba „Command Prompt“ (3), kurį ir reikia pasirinkti. Atsidariusiame lange matysite, koks jūsų vartotojo profilio pavadinimas: jis rodomas po žodžio „Users“ (4: pabraukta). Jei yra tik ASCII (t.y., tik angliški) simboliai – problemų nekils.

Analogiškų problemų kartais kyla, jei numatytasis „R“ vartotojo aplankas yra „OneDrive“ diske, kai nesuteiktos įrašymo teisės. Tad šiuo atveju taip pat gali pagelbėti R_USER reikšmės pakeitimas („R“ vartotojo aplanko iškėlimas iš „OneDrive“) arba tinkamas „OneDrive“ sukonfigūravimas.

Jei vartotojo profilio pavadinime tik ASCII simboliai ir su „OneDrive“ susijusių problemų nekyla, toliau galite pereiti į poskyrį „3.2 Pagrindinės programos“.

Užduotis 3.2

1. Patikrinkite, koks jūsų vartotojo profilio pavadinimas.
2. Jei reikia, nustatykite tinkamą aplinkos kintamojo R_USER reikšmę. Atlikdami nustatymus tiksliai laikykitės instrukcijų, išdėstytų kitame poskyryje.

Aplinkos kintamojo R_USER reikšmės keitimas

Aplinkos kintamojo R_USER reikšmę keiskite tik tuo atveju, jei skaitydami ankstesnius poskyrius nustatėte, kad tai geriausias jūsų problemos sprendimas.

Instrukcijos. Aplinkos kintamojo R_USER reikšmės keitimas.

Aplinkos kintamojo keitimas susideda iš 3 etapų: aplanko sukūrimas, kintamojo reikšmės keitimas, kompiuterio perkrovimas.

ATSARGIAI: tai pažengusiųjų lygio modifikacijos sistemai „Windows“. Atidarytuose languose nieko papildomai nekeiskite ir neištrinkite, nebent suprantate, ką darote.

Pav. 3.3: Numatytojo „R“ vartotojo aplanko keitimas. Iliustruojama naudojant anglišką „Windows 10“ versiją. Lietuviški pavadinimai pateikti pagrindiniame tekste esančiame aprašyme (Etapas II).

• Etapas I. Susikurkite aplanką, kurio pavadinime nėra ne ASCII simbolių (pvz., lietuviškų raidžių). Rekomenduojamas pavadinimas – „D:\R-dokumentai“. Jei D: disko neturite, analogišką aplanką susikurkite C: diske.
• Etapas II. Sukurkite aplinkos kintamąjį R_USER pagal pav. 3.3 ir šį paveikslą atitinkančias instrukcijas:
  1. Paspauskite „Windows“ paieškos mygtuką (A) ir paieškos laukelyje (B), priklausomai nuo sistemos kalbos, parašykite „environment“ arba „paskyros aplinkos“.
  2. Tarp rezultatų (C) atsiras pasirinkimas „Edit environment variables for your account“ arba „Redaguoti paskyros aplinkos kintamuosius“, kurį paspaudus atsivers langas (D) „Environmant variables“|„Aplinkos kintamieji“.
  3. Viršutinėje skiltyje „User variables“|„Vartotojo kintamieji“ spauskite (E) „New“|„Naujas“.
  4. Atsidarius langui (F) dar kartą įsitikinkite, kad redaguojate ne sistemos, o vartotojo kintamąjį.
  5. Į laukelį (G) įrašykite ar įklijuokite tikslų kintamojo pavadinimą R_USER (visos raidės didžiosios).
  6. Laukelyje (H) įrašykite tikslų anksčiau sukurto aplanko pavadinimą arba pavadinimą pasirinkite naudodamiesi mygtuku (I) „Browse Directory“|„Naršyti katalogą“.
  7. Dar kartą įsitikinkite, kad visą informaciją pateikėte teisingai.
  8. Savo pasirinkimą išsaugokite spausdami (J) „OK“|„Gerai“.
  9. Uždarykite visus langus, kuriuos buvote atidarę.
• Etapas III. Perkraukite kompiuterį ir tik po to tęskite darbą.

PASTABA. Pakeitus šiuos nustatymus būtina perkrauti (angl. restart) kompiuterį. Kitu atveju nustatymai neveiks.

Užduotis 3.3 Jei reikia, nustatykite tinkamą aplinkos kintamojo R_USER reikšmę. Atlikdami nustatymus tiksliai laikykitės instrukcijų.

3.2.1 Įdiegtų programų versijų tikrinimas

# Paketo „bio“ diegimas
repos <- c("https://mokymai.github.io/download/", getOption("repos"))
install.packages("bio", repos = repos)

# Paketo „bio“ atnaujinimas
bio::update_pkg_bio()

# Reikiamų programų tikrinimas
bio::check_installed_programs()

✔ Program R (4.4.1) is installed (recommended >= 4.4.0, available 4.4.1).
✔ Program RStudio (2024.4.2.764) is installed (recommended >= 2024.4, available 2024.4.2.764).
✔ Tool Quarto (1.5.57) is installed (recommended >= 1.5.57).

3.2.2 R, RStudio ir Quarto diegimas

Programa „R“ yra galingas duomenų analizei ir vaizdinimui skirtas įrankis: tai pagrindinė šio kurso programa. Tačiau tam, kad būtų patogiau dirbti šia programa, jai yra sukurta aplinka (angl. integrated development environment, IDE) – kita pagalbinė programa, vadinama „RStudio“, kurią atsidarysime kiekvienos analizės metu. Įrankį „Quarto“ naudosime kurti įvairius dokumentus (konspektus, duomenų analizės ataskaitas, skaidres ir kitus) ir juos paversti į reikiamą formatą (HTML, „Word“, PDF ar kitokį). Tad šiame skyriuje bus pademonstruota, kaip atsisiųsti ir įsidiegti šias programas.

Prieš diegiantis programas, turėtumėte žinoti, kokie aplankai tinkami diegimui (jei nepamenate, tada perskaitykite aukščiau esančias pastabas, kitu atveju gali kilti problemų).

„R“ diegimas

Privaloma visiems kursams.

Svetainė CRAN (angl. Comberhensive R Archive Network) yra vieta, kur saugoma programa „R“ ir kai kurie jos papildiniai. Toliau pateiktos diegimo instrukcijos pagal operacinę sistemą (skaitykite tik tai, kas aktualu būtent jums):

„R“ diegimas: „Linux“

Pastaba „Linux“ vartotojams. „R“ yra daugelio „Linux“ platinamųjų paketų (angl. distributions) dalis. Tad tikėtina, kad jau yra įdiegta. Visgi, rekomenduotina „R“ atsinaujinti iki naujausios versijos, kuri yra 4.4.1 ar naujesnė.

1. Nueikite į CRAN svetainę: https://cloud.r-project.org/
2. Pasirinkite savo sistemai ir jos platinamajai versijai („distribucijai“) skirtas instrukcijas (pav. 3.4).
3. Pagal tas instrukcijas įsidiekite „R“.

Pav. 3.4: Nuorodos į programos „R“ diegimo instrukcijas „Linux“ naudotojams.

„R“ diegimas: „Mac OS“

Pasirinkite jums priimtinesnį diegimo variantą. Rekomenduoju A (nes tai „Mac“ privalumas). Jei kas nors vyks ne pagal instrukcijas, informuokite biostatistikos paskaitų dėstytoją per „Teams“ arba artimiausio užsiėmimo metu.

Variantas A

1. Atsidarykite Terminalą.
2. Jei neturite, įsidiekite „Homebrew“
3. Naudodami komandų eilutę įsidiekite „R“
4. Vaizdo įrašo 3.2 žiūrėti nereikia.

Variantas B

1. Nueikite į CRAN svetainę: https://cloud.r-project.org/
2. Pasirinkite savo sistemai skirtas instrukcijas (pav. 3.5).
3. Pagal tas instrukcijas įsidiekite „R“:
   • Prieš tai rekomenduoju pažiūrėti „Windows“ vartotojams skirtą įrašą 3.2.

Pav. 3.5: Nuoroda į programos „R“ diegimo instrukcijas „Mac OS“ naudotojams.

„R“ diegimas: „Windows“

1. Nueikite į CRAN svetainę: https://cloud.r-project.org/ .
2. Pasirinkite sistemai „Windows“ skirtą programos „R“ versiją ir ją atsisiųskite (pav. 3.6).
3. Įsidiekite (pav. 3.7).

• Jei reikia, detalus pavyzdys rodomas žemiau esančiame video įraše 3.2 apie „R“ diegimą.

Pav. 3.6: Programos „R“ parsisiuntimas. Nueikite į parsisiuntimui skirtą svetainę cloud.r-project.org ir spauskite nuorodas, demonstruojamas iliustracijoje. Pastaba: dabartinė „R“ versija gali būti naujesnė nei 4.3.1.

Diegdami „R“ atkreipkite dėmesį:

1. Diegimui pasirinkite aplanką, kurio pavadinime esančios raidės yra tik angliškos, t. y., nėra nei lietuviškų, nei rusiškų, nei kiniškų simbolių (žr. pastabą 4). Į aplanką, kurio pavadinime yra ne angliškų raidžių, programas įdiegti pavyks, bet vėliau dirbant kils problemų ir net neatrodys, kad jos kyla dėl aplanke esančių raidžių.

Pav. 3.7: Programos „R“ diegimo eiga ir parinktys, kurias naudoju. Atkreipkite dėmesį į tas dalis, kur reikia uždėti ar nuimti varneles.

Video epizodas 3.2 Programos „R“ atsisiuntimas bei diegimas. Pimoji įrašo dalis skirta visų sistemų naudotojams. Antroje – rodomas pavyzdys, kaip įsidiegti į sistemą „Windows“. Patikslintos intrukcijos pateiktos žemiau.

„RStudio“ diegimas

Privaloma visiems kursams.

Programa „RStudio“ yra skirta patogiau dirbti programomis „R“ (naudosime) ir „Python“ (nenaudosime). Kompanija, kuri kuria šią programą, nuo 2022 spalio vadinasi „Posit“.

Prieš tęsdami, jau privalote būti įsidiegę programą „R“.

„Mac OS“ naudotojai gali praleisti žemiau esančias instrukcijas, jei atsisiųs naudodami „Homebrew“ (rekomenduojama).

Instrukcijos:

1. Nueikite į posit.co/download/rstudio-desktop/
2. Parsisiųskite programą.
   • Pasirinkite savo sistemai skirtą programos versiją. Įprastai svetainė atpažįsta jūsų kompiuterį ir reikiamą versiją galite parsisiųsti paspaudę didįjį mėlyną mygtuką „Download RStudio Desktop for …“, kur vietoj daugtaškio įrašytas jūsų sistemos pavadinimas (pav. 3.8).
3. Programą įsidiekite. Diegimas yra ganėtinai intuityvus, bet jei norite pavyzdžio, jis pateiktas video įraše. (Pastaba: parsisiuntimo dalis, demonstruojama įraše, yra šiek tiek pasikeitusi.)

Pav. 3.8: Programos „RStudio“ parsisiuntimui skirto tinklalapio fragmentas. Jei siunčiatės savo kompiuteriui skirtą „RStudio“ versiją, tai įprastai svetainė ją parinks automatiškai ir pakaks paspausti raudona rodykle pažymėtą mygtuką. Kitu atveju tinklalapio apačioje bus sąrašas, iš kurio pasirinkite tą „RStudio Desktop“ versiją, kuri pritaikyta reikiamai kompiuterio operacinei sistemai („Linux“, „Mac OS“ ar „Windows“).

Dabartinę „RStudio“ versiją (2024.4.2 ar naujesnę) galima įsidiegti tik turint 64 bitų operacinę sistemą (jei nekilo problemų diegiantis, tai taip ir yra). Jei jūsų sistema yra 32 bitų (kas labai mažai tikėtina), diekitės versiją 1.1.463 (nuoroda ).

Video epizodas 3.3 Programos „RStudio“ atsisiuntimas bei diegimas. Svarbu: dalis apie atsisiuntimą yra pasikeitusi, nes firma persivadino į „Posit“ ir šiek tiek pakeitė savo svetainę (todėl patikslinimas yra virš įrašo esančiose instruncijose). Tačiau diegimo dalis vis dar tokia pati.

„Quarto“ diegimas

Privaloma visiems kursams.

Sistema „Quarto“ yra (techninių) dokumentų (užrašų, konspektų, analizės ataskaitų, mokslinių straipsnių, skaidrių, …) rengimui skirtas įrankis.

„Mac“ naudotojai ją gali atsisiųsti naudodami „Homebrew“.

Kitų sistemų naudotojai:

1. Eikite į quarto.org/docs/download/
2. Pasirinkite „Quarto“ versiją iš kortelės „Current Release“.
3. Pasirinkite jūsų kompiuterio operacinei sistemai pritaikytą programos versiją. Kaip ir „RStudio“ atveju, jei siunčiatės iš savo kompiuterio, jums pakaks paspausti didįjį mėlyną mygtuką. Diegimas yra labai intuityvus, tad jo toliau nebekomentuosiu.

Pav. 3.9: „Quarto“ parsisiuntimui skirto tinklalapio fragmentas. Parsisiųskite naujausią savo kompiuterio operacinei sistemai pritaikytą „Quarto“ versiją.

3.3.1 Paketų diegimo eiga: susipažinimas

Video epizode 3.4 demonstruojama, kaip įsidiegti paketus.

Jei jums diegiantis atsirastų papildomų langų ar užrašų, kurie nebuvo demonstruoti įraše, peržvelkite žemiau paslėptoje sekcijoje „CRAN paketų diegimas: teorija“ esančią informaciją. Galbūt ten rasite reikiamą atsakymą. O jei viskas pagal pavyzdį įvyko sklandžiai, tada galite pereiti prie kito skyriaus.

CRAN paketų diegimas: teorija

Paketai gali būti atsiunčiami iš skirtingų vietų, todėl siuntimui naudojami skirtingi programos kodai. Pvz., siunčiant iš pagrindinės saugyklos CRAN, naudojama komanda install.packages() arba remotes::install_cran(), siunčiant iš „GitHub“, naudojama – remotes::install_github() (bet tam reikia papildomų įrankių, pvz., „Windows“ sistemoje jie vadinami Rtools; apie diegimą iš „GitHub“ plačiau šiame skyriuje nesimokysime), ir t.t. Dabar susipažinsime su standartine paketų diegimo eiga.

Sakykime, norime įdiegti paketą devtools. Tada „RStudio“ lange „Console“ (komandų langas) įrašome komandą

install.packages("devtools")

ir paspaudžiame klavišą Enter. (Pastaba: > rašyti nereikia, šis simbolis tiesiog matomas komandų lange.) Kol vyksta diegimas, tol dega (su laikinais užgesimais) „STOP“ ženkliukas (3.10C). Kai diegimas baigiasi, „Console“ lange pasirodo „>“ simbolis (laukiama naujos komandos). Iliustracija pateikta pav. 3.10.

Pav. 3.10: R paketo devtools diegimas programiškai. Paaiškinimai žemiau.

Lange „Console“ \((A)\) parašomas/įklijuojamas programos kodas \((B)\) ir paspaudžiamas klavišas Enter. Atsiranda „STOP“ ženkliukas \((C)\), užrašai, rodantys, kad paketai parsiunčiami ir diegiami \((D)\) bei atsisiuntimo progreso juosta, kuri pakartotinai pasirodo daugybę kartų (čia neparodyta). Sėkmingai įsidiegus paketui, atsiranda apie tai pranešantys užrašai \((E)\), išnyksta „STOP“ ženklas bei atsiranda „>“ simbolis \((F)\), rodantis, kad „R“ laukia naujos komandos. Jei paketas nebūtų įdiegtas sėkmingai, „R“ taip pat parašytų priežastį.

Jei dega „STOP“ ženkliukas, bet atrodo, kad diegimas nevyksta, įsitikinkite, kad nėra lentelės, pavaizduotos pav. 3.11 (ši lentelė gali būti „pasislėpusi“ už kitų langų), bei kad programa nelaukia jūsų sprendimo (pav. 3.12).

Pav. 3.11: „R“ siūlo paketus įdiegti į asmeninę biblioteką. Pamatę analogišką lentelę, įsitikinkite, kad aplanko pavadinime nėra neangliškų (pvz., lietuviškų) raidžių ir spauskite „Yes“. Pastaba: programoje „R“ terminas „biblioteka“ reiškia aplanką jūsų kompiuteryje, į kurį įdiegiami paketai, t.y., „paketas“ \(\ne\) „biblioteka“.

Pav. 3.12: „R“ klausia, ar įdiegti paketus, kuriuos reikia kompiliuoti (atlikti procedūrą, kurios pagalba paketai pritaikomi veikti jūsų kompiuteryje). Jei pasirodys analogiškas klausimas, įrašykite raidę „y“ ir paspauskite „Enter“.

Naudojant „R“ (ypač sistemoje „Windows“), vietoje 3.12 pav. vaizduojamų komandų gali iššokti lentelė, panaši į pavaizduotąją pav. 3.11. Paketus diegiantis pirmą kartą, tokio tipo lentelė gali pasirodyti net kelis kartus.

3.3.2 Reikiamų paketų diegimas

Norėdami įsidiegti rekomenduojamus paketus, „RStudio“ „Console“ lange įvykdykite šį kodą:

# Nustatymai, kad „R“ neuždavinėtų klausimų (TIK Windows sistemai) ------------
# Jei Mac ar Linux kompiuteriuose šių `options()` dalies kodo eilučių nenaudokite.
# Jei panaudojote ir kyla problemų, perkraukite R.
options(
  install.packages.check.source = "no",
  install.packages.compile.from.source = "never" # "interactive"|"always"|"never"
)

# Nustatymai visoms sistemoms ------------------------------------------------
options(repos = "https://cran.rstudio.com/")

# Paketų diegimas iš saugyklos CRAN ------------------------------------------
install.packages(c("remotes",  "devtools", "ctv"),  dependencies = TRUE)

paketai_1 <- c("tidyverse", "fs", "data.table", "writexl", "shiny", "esquisse",
  "ggpubr", "patchwork", "plotly", "DescTools",  "rstatix",
  "knitr", "tinytex", "rmarkdown", "quarto", "styler", "lintr", "learnr",
  "cheatsheet", "here", "hunspell", "pacman", "rstudioapi", "usethis",
  "waldo", "withr", "zip"
)

remotes::install_cran(paketai_1, dependencies = TRUE)


# Paketų diegimas iš saugyklos, panašios į CRAN ------------------------------

paketai_2 <- c("bio", "addin.tools", "addins.rmd", "addins.rs", "snippets")
repos <- c("https://mokymai.github.io/download/", getOption("repos"))

remotes::install_cran(paketai_2, repos = repos, dependencies = TRUE)

Jei norite sužinoti, ko tikėtis diegimo metu, perskaitykite žemiau suskleistą sekciją.

3.3.3 Įdiegtų paketų tikrinimas

Automatizuota patikra, ar turime reikiamus paketus

Automatizuota patikra atliekama paketo bio funkcijomis (žemiau esantį kodą įvykdykite „RStudio“ „Console“ lange):

# Reikiamų paketų tikrinimas pagal sąrašą „initial“
bio::check_packages_by_topic("initial", show_status = TRUE)

Čia initial reiškia „rekomenduojami paketai diegiantis pirmą kartą“.

Paketas bio yra skirtas tik šiam kursui ir jam pasibaigus gali tinkamai nebeveikti.

Automatizuota patikra: paaiškinimai

Tai, ar turite konkrečiam užsiėmimui reikiamus paketus, bus galima pasitikrinti naudojant paketą bio. Jei norite jį įsidiegti ar atsinaujinti, naudokite kodą:

# Paketo „bio“ diegimas
repos <- c("https://mokymai.github.io/download/", getOption("repos"))
install.packages("bio", repos = repos)

O atsinaujinti – naudojant tą patį (viršuje) arba šį kodą:

# Paketo „bio“ atnaujinimas
bio::update_pkg_bio()

Jei jau turite įsidiegę paketą bio, jo funkcijomis galite automatiškai pasitikrinti, ar reikiamos programos ir paketai iš tam tikro sąrašo įdiegti (žemiau pateiktos komandos bio::check_packages_by_topic() naudojimo demonstraciją rasite video įraše 3.5, tad kol kas kodo nevykdykite, o tik perskaitykite poskyrį iki galo, kad suprastumėte naudojimo aspektus iš teorinės pusės). PASTABA: šioms funkcijoms reikalinga prieiga prie interneto.

# Reikiamų paketų tikrinimas pagal sąrašą „initial“
bio::check_packages_by_topic("initial", show_status = TRUE)

Čia initial reiškia „rekomenduojami paketai diegiantis pirmą kartą“.

Jei reikiamus paketus turite, šių funkcijų rezultatas bus daugmaž toks:

v Minimal required versions of all 43 packages (from list 'initial')
  are already installed.

Jei trūksta paketų arba jų versijos yra per senos, tada rezultatas bus panašus į:

i Abbreviations: v — version

# A tibble: 2 x 6
  package is_installed v_current v_required v_cran update_is_required
  <chr>   <lgl>        <chr>     <chr>      <chr>  <lgl>
1 knitr   FALSE        -         1.29       1.29   TRUE

x List 'initial' contains 1 package (out of 43) that should be installed or updated.
i Note: 1 package has newer version on CRAN.

* To get package installation code, type:
  bio::get_pkgs_installation_code(to_clipboard = TRUE)

Perskaičius šią žinutę jums reikės tiesiog paspausti Enter, kad būtų įvykdytas „Console“ lange atsiradęs kodas. Įvykdžius šį kodą, pasirodys tolimesnės instrukcijos, tarkime:

√ Installation code was copied to the clipboard.
i Use Ctrl+V to paste it.
* But before installation, close RStudio project and/or restart R session.

Šiuo atveju instrukcijose rašoma, kad reikia:

1. išjungti „RStudio“ projektą (jei paketus diegiate pirmą kartą ir nežinote, kas yra projektas, tai, matyt, jo ir nenaudojate),
2. perkrauti „R“ (įprastai tai atliekama pagrindinėje „RStudio“ meniu juostoje, kuri yra viršuje, pasirinkus Session → Restart R, pav. 3.13), ir
3. paspaudus Ctrl+V į „Console“ langą bus įklijuotas reikiamas paketų diegimo kodas, kurį ir reiktų įvykdyti.

Pav. 3.13: Žingsniai, kaip perkrauti „R“ neišjungus „RStudio“.

Beje, jei kuriame nors šių instrukcijų vykdymo etape pasirodys daugmaž tokia žinutė, klausianti, ar sutinkate naudoti spartinančiąją atmintinę (angl. cache):

The R.cache package needs to create a directory that will hold cache files.
It is convenient to use  ‘C:\Users\User\AppData\Local\R\R.cache’ because it
follows the standard on your operating system and it remains also after
restarting R. Do you wish to create the 'C:\Users\User\AppData\Local\R\R.cache'
directory? If not, a temporary directory
(C:\Users\User\AppData\Local\Temp\RtmpcRggPs/.Rcache) that is specific to this
R session will be used. [Y/n]:

Jums įprastai reikia paspausti klavišą Y, po to Enter. Toliau darbą tęskite kaip įprasta. Jei paspausite Y, ši žinutė daugiau nebepasirodys.

Video epizodas 3.5 „R“ paketo bio diegimas ir naudojimas patikrinti, ar turite paketus iš tam tikro paketų sąrašo (įraše tai sąrašas „initial“) ir trūkstamus paketus atsisiųsti.

3.3.4 Kilus problemų diegiant paketus

3.4.1 Reikiamos programos: tikrinimas

Prieš tęsdami pasitikrinkite, ar reikiamos programos yra įdiegtos. Tam turite turėti įsidiegę paketą bio (jei atlikote visas ankstesnes instrukcijas, tada šį paketą turite) ir „RStudio“ „Console“ lange įvykdyti kodą:

# Reikiamų programų versijų tikrinimas
bio::check_installed_programs()

Tikimasi, kad „R“, „RStudio“ ir „Quarto“ yra įdiegtos. Kitų programų statusas šiuo metu yra nesvarbus. Jūsų kompiuteryje rezultatas gali atrodyti taip (tik kiekvienoje eilutėje bus daugiau informacijos):

✔ Program R
✔ Program RStudio
✔ Tool Quarto

3.4.2 Automatizuotas RStudio konfigūravimas

Automatizuotas nustatymų keitimas bei programų konfigūravimas atliekamas „RStudio“ „Console“ lange įvykdžius šį kodą (vieną kodo eilutę vienu metu):

# Nustatyti rekomenduojamas „RStudio“ vartotojo parinktis.
# Kai paklaus, įveskite skaičių, reiškiantį sutikimą, ir
# paspauskite „Enter“
bio::rstudio_reset_user_settings(to = "bio-default", backup = TRUE)

# Nustatyti rekomenduojamus greituosius klavišus
bio::rstudio_reset_keybindings(to = "bio-default", backup = TRUE)

# Įdiegti kodo fragmentus (snippets)
snippets::install_snippets_from_package("snippets", backup = TRUE)

# Įdiegti visus „RStudio“ žodynus
bio::rstudio_install_spellcheck_dictionaries()

Jei reikia detalesnių paaiškinimų, tada informacijos ieškokite suskleistoje sekcijoje.

# Vartotojo informacijos tikrinimas
bio::check_user_info()

# Reikiamų programų versijų tikrinimas
bio::check_installed_programs()

# Paketo „bio“ versijos tikrinimas.
packageVersion("bio")

# Paketo „snippets“ versijos tikrinimas.
packageVersion("snippets")

3.4.3 Pasitikrinkite, ar konfigūravimas pavyko

Šio poskyrio video epizode rodoma, kaip pasitikrinti, ar diegimas ir konfigūravimas buvo sėkmingi. Prieš žiūrint video epizodą rekomenduoju išjungti ir vėl įjungti „RStudio“. O šį kodą nusikopijuoti į naują „R script“ dokumentą ir tą dokumentą bent laikinai išsaugokite:

packageVersion("bio")          # Tikimasi naujausio `bio` versijos numerio
packageVersion("neegzistuoja") # Tikimasi klaidos

bio::check_installed_programs() # Tikimasi, kad „R“ ir „RStudio“ yra įdiegta

bio::check_packages_by_topic("initial") # Tikimasi, kad visi paketai įdiegti

hunspell::list_dictionaries() # Tikimasi, kad lt_LT žodynas yra sąraše.

TRUE

(((((((((((((((((( )))))))))))))))))) # Tikimasi, kad skliausteliai yra spalvoti
                                      # (vaivorykštiniai), o ne vienos spalvos 

dplyr::select(iris, Species) # Tikimasi, kad `dplyr` kitos spalvos nei `select`

1+3

Ctrl + R # Tikimasi, kad ši klavišų kombinacija veikia (įterpia tekstą)

times  # Tikimasi, kad paspaudus Shift+Tab 'times' virs į ×
approx # Tikimasi, kad paspaudus Shift+Tab 'approx' virs į ≈


bio::rstudio_compare_user_settings(to = "bio-default") # Tikimasi, kad skirtumų nedaug

Papildomai įvykdžius kodą (video epizode nebus rodoma):

bio::rstudio_compare_user_settings(to = "bio-default")

rezultatas, kurio tikimasi (jei bus išvardinti tik keli, pvz. 3, neatitikimai, tai irgi priimtina):

ℹ Show differences between current and bio-default setting lists.
✔ No differences

Aišku, vėliau reikiamus nustatymus galėsite koreguoti savo nuožiūra.

Žiūrėdami video epizodą pasitikrinkite, ar visi šie punktai jūsų kompiuteryje duoda teisingus rezultatus:

1. Paketas bio (versija 0.2.6 ar naujesnė) yra įdiegtas.
2. Komanda bio::check_installed_programs() rodo, kad yra įdiegtos reikiamos programų „R“, „RStudio“ ir „Quarto“ versijos. „Rtools“ ar analogiški įrankiai nėra reikalingi.
3. Komanda bio::check_packages_by_topic("initial") rodo, kad pagrindiniai reikiami paketai yra įdiegti.
4. Komanda hunspell::list_dictionaries() ar kiti būdai rodo, kad reikiami žodynai (pvz., lt_LT) yra įdiegti.
5. Klavišų kombinacija Ctrl+R veikia taip, kaip buvo demonstruojama (pastaba: nuo šių metų vietoje Ctrl+E naudosime Ctrl+R).
6. Kodo fragmentai (angl. snippets) times, alpha, approx veikia taip, kaip buvo parodyta. (Aktyvuojami paspaudus Shift+Tab).
7. Skliaustai nusidažo vaivorykštinėmis spalvomis.
8. Yra 80 simbolių plotį žyminti paraštė: vertikalus brūkšnys dešinėje pusėje (video epizode neminėta, bet matosi).
9. Visų kodo elementų spalvinis žymėjimas atitinka tai, kas buvo rodoma epizode.
10. Kodas bio::rstudio_compare_user_settings(to = "bio-default") nerodo skirtumų arba jų vos keli (video epizode nerodyta).

Jus taip pat gali dominti informacija skyriuose „3.2.1 Įdiegtų programų versijų tikrinimas“ ir „Automatizuota patikra, ar turime reikiamus paketus“.

Jei patikros metu bus neatitikimų ar kils nesklandumų, įsitikinkite, kad visi paketai iš sąrašo „initial“ yra įdiegti bei pabandykite dar kartą iš naujo susikonfigūruoti bei po to perkrauti „RStudio“. Jei problema neišnyks, pratybų laiku praneškite dėstytojui nurodydami problematiškus dalykus.

3.4.4 Nepavykus automatiškai susikonfigūruoti

Error in open.connection(3L, "rb") : 
SSL certificate problem: certificate has expired

bio::check_installed_programs(skip_online_check = TRUE)

 Error in .rs.writePrefInternal("rs_writeUserPref", prefName, value) :
 Could not save preferences: system error 13 (Permission denied)
 [path: /Users/user/.config/rstudio, target-dir: ]; 
 OCCURRED AT rstudio::core::Error
 rstudio::core::FilePath::createDirectory(const std::string &)
 const src/cpp/shared_core/FilePath.cpp:838

browseURL("~/.config")

```

sessionInfo(c("bio", "snippets"))

sessioninfo::session_info(c("bio", "snippets"))

bio::check_installed_programs()