1  Programų diegimas ir konfigūravimas

1.1.1 Svarbiausios pastabos ir patarimai

Kelios bendrosios pastabos prieš diegiantis programas:

1. Šiame skyriuje nurodytos programos yra visiškai nemokamos naudoti akademiniais tikslais.

2. Ši svetainė (ir joje esančios instrukcijos) orientuota į operacinės sistemos „Windows“ vartotojus. Kitų sistemų vartotojams kai kurios instrukcijos gali šiek tiek skirtis. Kartais gali būti duodami atskiri nurodymai (pvz., „Mac“ naudotojams) arba tikimasi, kad pagal pavyzdį kitų operacinių sistemų naudotojai atitinkamas instrukcijas susiras patys.

3. Diegiantis programas bei atliekant skaičiavimus procesai vyks žymiai greičiau, jei bus išjungtas kompiuterio energijos taupymas, įjungtas sparčiojo veikimo režimas (angl., high performance) bei prijungtas kompiuterio krovimo laidas. Tad pratybų metu naudodami savo kompiuterį, prijunkite ir krovimo laidą.

4. Jei nepavyksta atsisiųsti arba įdiegti kurios nors iš rekomenduojamų programų, įsitikinkite, kad:

• interneto ryšys yra stabilus, geriausia naudoti „laidinį internetą“, o ne WiFi,
• kietajame diske yra pakankamai vietos,
• antivirusinė programa neblokuoja parsisiuntimo ir diegimo procesų.

5. Kai kurios antivirusinės programos gali klaidingai atpažinti kaip grėsmę kai kuriuos programų R ar RStudio komponentus. Tad diegimo metu gali reikti laikinai antivirusines programas išjungti arba diegiamas programas ar jų komponentus įtraukti į išimtis („baltąjį sąrašą“).

6. Jei diegiant paketus įvyko klaida, perskaitykite, ką programa „R“ parašė. Jei nesuprantate žinutės esmės ar nežinote sprendimo, naudokite „Copy-Paste-to-AI“ metodą (nukopijuokite klaidos žinutės esmę į dirbtinio intelekto įrankį, pvz. ChatGPT, su užklausa paaiškinti esmę ir pasiūlyti sprendimą. Būtinai nurodykite naudojamą operacinę sistemą (pvz., macOS ar Windows 11). Tai bene greičiausias būdas rasti sprendimą. Procedūrą gali reikti pakartoti kelis kartus, jei pirmuoju bandymu bus išspręstos ne visos problemos.

Taip pat galima naudoti „Copy-Paste-to-Google-search“ metodą. Pastarasis veikia geriausiai, jei žinutės būna angliškos, o ne lietuviškos.

1.1.2 Diegimo ypatybės MacOS sistemoje

Turintys „Mac“ kompiuterius daugumą programų gali įsidiegti naudodami Terminalą („Mac“ komandų langą, angl. „terminal“) ir jo įrankį „Homebrew“:

1. Jei turite „Mac“ ir dar nežinote, kas yra Terminalas ir kaip jį įsijungti, skubiai susiraskite medžiagos internete (pvz., šis įrašas);
2. Atsidarykite Terminalą;
3. Jei neturite, per Terminalą įsidiekite įrankį „Homebrew“ (nuoroda).
4. Komandas, kaip per „Homobrew“ įsidiegti reikiamas programas, lengvai galite susirasti internete:
   1. arba reikiamą programos pavadinimą parašykite „Homebrew“ svetainės paieškos laukelyje ir jums parodys, kaip įsidiegti,
   2. arba naudodami raktažodžius „brew install“ + reikiamos programos pavadinimą „Google“ paieškoje įrašykite: brew install r (šiuo atveju jums suras komandą, kuri sutampa su paieškos raktažodžiais, bet taip bus ne visada: kitų programų diegimo komandos skirsis)

Aišku, galima diegti programas ne per komandų eilutę, o atsisiuntus instaliacines bylas (analogiškai kaip ir „Windows“ naudotojams).

Taip pat atkreipkite dėmesį, kad programos yra diegiamos per Terminalą, o „R“ papildiniai (paketai) – per „R“ komandų langą „Console“ (t.y., per kitą komandų langą).

1.2.1 R diegimas

„R“ diegimas

Svetainė CRAN (angl. Comperhensive R Archive Network) yra vieta, kur saugoma programa „R“ ir kai kurie jos papildiniai. Toliau pateiktos diegimo instrukcijos pagal operacinę sistemą (skaitykite tik tai, kas aktualu būtent jums):

„R“ diegimas: „Linux“

Pastaba „Linux“ vartotojams. „R“ yra daugelio „Linux“ platinamųjų paketų (angl. distributions) dalis. Tad tikėtina, kad jau yra įdiegta. Visgi, rekomenduotina „R“ atsinaujinti iki naujausios versijos, kuri yra 4.5.1 ar naujesnė.

1. Nueikite į CRAN svetainę: https://cloud.r-project.org/
2. Pasirinkite savo sistemai ir jos platinamajai versijai („distribucijai“) skirtas instrukcijas (pav. 1.2).
3. Pagal tas instrukcijas įsidiekite „R“.

„R“ diegimas: „Mac OS“

Pasirinkite jums priimtinesnį diegimo variantą. Rekomenduoju A (nes tai „Mac“ privalumas). Jei kas nors vyks ne pagal instrukcijas, informuokite biostatistikos paskaitų dėstytoją per „Teams“ arba artimiausio užsiėmimo metu.

Variantas A

1. Atsidarykite Terminalą.
2. Jei neturite, įsidiekite „Homebrew“
3. Naudodami komandų eilutę įsidiekite „R“
4. Vaizdo įrašo 1.1 žiūrėti nereikia.

Variantas B

1. Nueikite į CRAN svetainę: https://cloud.r-project.org/
2. Pasirinkite savo sistemai skirtas instrukcijas (pav. 1.3).
3. Pagal tas instrukcijas įsidiekite „R“:
   • Prieš tai rekomenduoju pažiūrėti „Windows“ vartotojams skirtą įrašą 1.1.

„R“ diegimas: „Windows“

1. Nueikite į CRAN svetainę: https://cloud.r-project.org/.
2. Pasirinkite sistemai „Windows“ skirtą programos „R“ versiją ir ją atsisiųskite (pav. 1.4).
3. Įsidiekite (pav. 1.9).

• Jei reikia, detalus pavyzdys rodomas žemiau esančiame video įraše 1.1 apie „R“ diegimą.

Diegdami „R“ atkreipkite dėmesį:

1. Diegimui pasirinkite aplanką, kurio pavadinime esančios raidės yra tik angliškos, t. y., nėra nei lietuviškų, nei rusiškų, nei kiniškų simbolių (žr. pastabą 4). Į aplanką, kurio pavadinime yra ne angliškų raidžių, programas įdiegti pavyks, bet vėliau dirbant kils problemų ir net neatrodys, kad jos kyla dėl aplanke esančių raidžių.

Įrašas 1.1 Programos „R“ atsisiuntimas bei diegimas. Pimoji įrašo dalis skirta visų sistemų naudotojams. Antroje – rodomas pavyzdys, kaip įsidiegti į sistemą „Windows“. Patikslintos intrukcijos pateiktos žemiau.

1.2.2 RStudio diegimas

„RStudio“ diegimas

Programa „RStudio“ yra skirta patogiau dirbti programomis „R“ (naudosime) ir „Python“ (nenaudosime). Kompanija, kuri kuria šią programą, vadinasi „Posit“.

Prieš tęsdami, jau privalote būti įsidiegę programą „R“.

„Mac OS“ naudotojai gali praleisti žemiau esančias instrukcijas, jei atsisiųs naudodami „Homebrew“ (rekomenduojama).

Instrukcijos:

1. Nueikite į posit.co/download/rstudio-desktop/
2. Parsisiųskite programą.
   • Pasirinkite savo sistemai skirtą programos versiją. Įprastai svetainė atpažįsta jūsų kompiuterį ir reikiamą versiją galite parsisiųsti paspaudę didįjį mėlyną mygtuką „Download RStudio Desktop for …“, kur vietoj daugtaškio įrašytas jūsų sistemos pavadinimas (pav. 1.10).
3. Programą įsidiekite. Diegimas yra ganėtinai intuityvus, bet jei norite pavyzdžio, jis pateiktas video įraše. (Pastaba: parsisiuntimo dalis, demonstruojama įraše, yra šiek tiek pasikeitusi.)

Dabartinę „RStudio“ versiją (2025.05.1 ar naujesnę) galima įsidiegti tik turint 64 bitų operacinę sistemą (jei nekilo problemų diegiantis, tai taip ir yra). Jei jūsų sistema yra 32 bitų (kas labai mažai tikėtina), diekitės versiją 1.1.463 (nuoroda ).

Įrašas 1.2 Programos „RStudio“ atsisiuntimas bei diegimas. Svarbu: dalis apie atsisiuntimą yra pasikeitusi, nes firma persivadino į „Posit“ ir šiek tiek pakeitė savo svetainę (todėl patikslinimas yra virš įrašo esančiose instruncijose). Tačiau diegimo dalis vis dar tokia pati.

1.2.3 Quarto diegimas

„Quarto“ diegimas

Sistema „Quarto“ yra techninių ir mokslinių dokumentų (užrašų, konspektų, analizės ataskaitų, mokslinių straipsnių, skaidrių, knygų…) rengimui skirtas įrankis.

„Mac“ naudotojai „Quarto“ gali atsisiųsti naudodami „Homebrew“.

Kitų sistemų naudotojai:

1. Eikite į quarto.org/docs/download/
2. Pasirinkite reikiamą „Quarto“ versijos kortelę.
3. Pasirinkite jūsų kompiuterio operacinei sistemai pritaikytą programos versiją. Kaip ir „RStudio“ atveju, jei siunčiatės iš savo kompiuterio, jums pakaks paspausti didįjį mėlyną mygtuką (pav. 1.11).

Diegimas yra labai intuityvus, tad jo toliau nebekomentuosiu.

1.3.1 Paketų diegimas

„R“ paketas (angl. package) – tai standartizuotas „R“ papildinys, praplečiantis programos galimybes, suteikiantis naujų funkcijų ar (mokomųjų) duomenų. Dažnai kitų programavimo kalbų specialistai paketus klaidingai vadina bibliotekomis: programoje „R“ biblioteka yra aplankas, į kurį yra įdiegti paketai (paketą vadinti biblioteka yra panašu kaip knygą vadinti lentyna, kurioje ta knyga yra). Šiame poskyryje bus išsamiai apžvelgta „R“ paketų diegimo eiga ir pateiktas kodas, skirtas įsidiegti rekomenduojamus paketus. Taip pat bus pateikta keletas sprendimų dažniausiai iškylančioms paketų diegimo problemoms.

Paketų diegimo eiga: susipažinimas

Video epizode 1.3 demonstruojama, kaip įsidiegti paketus.

Įrašas 1.3 „R“ paketų diegimas iš CRAN naudojant funkcijas install.packages(), remotes::install_cran() bei „RStudio“ langą „Packages“.

Jei jums diegiantis atsirastų papildomų langų ar užrašų, kurie nebuvo demonstruoti įraše, peržvelkite žemiau paslėptoje sekcijoje „CRAN paketų diegimas: teorija“ esančią informaciją. Galbūt ten rasite reikiamą atsakymą. O jei viskas pagal pavyzdį įvyko sklandžiai, tada galite pereiti prie kito skyriaus.

CRAN paketų diegimas: teorija

Paketai gali būti atsiunčiami iš skirtingų vietų, todėl siuntimui naudojami skirtingi programos kodai. Pvz., siunčiant iš pagrindinės saugyklos CRAN, naudojama komanda install.packages() arba remotes::install_cran(), siunčiant iš „GitHub“, naudojama – remotes::install_github() (bet tam reikia papildomų įrankių, pvz., „Windows“ sistemoje jie vadinami Rtools; apie diegimą iš „GitHub“ plačiau šiame skyriuje nesimokysime), ir t.t. Dabar susipažinsime su standartine paketų diegimo eiga.

Sakykime, norime įdiegti paketą devtools. Tada „RStudio“ lange „Console“ (komandų langas) įrašome komandą

install.packages("devtools")

ir paspaudžiame klavišą Enter. (Pastaba: > rašyti nereikia, šis simbolis tiesiog matomas komandų lange.) Kol vyksta diegimas, tol dega (su laikinais užgesimais) „STOP“ ženkliukas (1.12C). Kai diegimas baigiasi, „Console“ lange pasirodo „>“ simbolis (laukiama naujos komandos). Iliustracija pateikta pav. 1.12.

Lange „Console“ (A) parašomas/įklijuojamas programos kodas (B) ir paspaudžiamas klavišas Enter. Atsiranda „STOP“ ženkliukas (C), užrašai, rodantys, kad paketai parsiunčiami ir diegiami (D) bei atsisiuntimo progreso juosta, kuri pakartotinai pasirodo daugybę kartų (čia neparodyta). Sėkmingai įsidiegus paketui, atsiranda apie tai pranešantys užrašai (E), išnyksta „STOP“ ženklas bei atsiranda „>“ simbolis (F), rodantis, kad „R“ laukia naujos komandos. Jei paketas nebūtų įdiegtas sėkmingai, „R“ taip pat parašytų priežastį.

Jei dega „STOP“ ženkliukas, bet atrodo, kad diegimas nevyksta, įsitikinkite, kad nėra lentelės, pavaizduotos pav. 1.13 (ši lentelė gali būti „pasislėpusi“ už kitų langų), bei kad programa nelaukia jūsų sprendimo (pav. 1.14).

Naudojant „R“ (ypač sistemoje „Windows“), vietoje 1.14 pav. vaizduojamų komandų gali iššokti lentelė, panaši į pavaizduotąją pav. 1.13. Paketus diegiantis pirmą kartą, tokio tipo lentelė gali pasirodyti net kelis kartus.

Diegimo instrukcijų parsisiuntimas

1. Savo kompiuteryje, tarkime D: diske, susikurkite aplanką, kuriame saugosite visus kurso pratybų resursus. Aplanką galite pasivadinti Biostatistika, BS-2025, pratybos ar panašiai. Toliau šį aplanką vadinsiu kurso pratybų aplanku ir darysiu prielaidą, kad kelias iki aplanko yra D:/Biostatistika
2. Į naršyklės parsiuntimo aplanką parsisiųskite ZIP bylą, kurioje yra diegimui skirti resursai (pav. 1.1). Nuorodą rasite po turiniu dešinėje, jei naršyklės langas pakankamai platus.
3. ZIP byloje esantį aplanką BS-2025--00-install nutempkite į kurso pratybų aplanką. Tad kelias iki aplanko su resursais turėtų būti: D:/Biostatistika/BS-2025--00-install
4. Aplanką su resursais atsidarykite „RStudio“ lange „Files“ (pav. 1.15).

1.3.2 Įdiegtų paketų tikrinimas

Langas Packages

Norėdami pasitikrinti, ar turite reikiamą paketą arba reikiamą jo versiją, galite naudotis „RStudio“ langu „Packages“. Šio lango paieškos langelyje parašę dominančio paketo pavadinimą, jį pamatysite žemiau esančiame sąraše (jei paketas yra įdiegtas). Pastaba: tam, kad būtų matoma paketo versija, lango „Packages“ plotis turėtų būti pakankamai didelis.

1.3.3 Kilus problemų diegiant paketus

1.3.4 Įdiegtų programų tikrinimas

Kai rekomenduojami paketai įdiegti galime pasitikrinti, ar reikiamos programos yra įdiegtos. Tam reikalingas paketas bio (jei atlikote visas ankstesnes instrukcijas, tada šį paketą turite). „RStudio“ „Console“ lange įvykdyti kodą:

# Tikimasi atsakymo TRUE
"bio" %in% installed.packages()

# Reikiamų programų versijų tikrinimas
bio::check_installed_programs()

Tikimasi, kad „R“, „RStudio“ ir „Quarto“ yra įdiegtos. Kitų programų statusas šiuo metu yra nesvarbus. Jūsų kompiuteryje rezultatas gali atrodyti taip (tik kiekvienoje eilutėje bus daugiau informacijos):

✔ Program R
✔ Program RStudio
✔ Tool Quarto

Šie kodai pateikti byloje 02--verify-installed-programs.R iš resursų aplanko (žr. „Diegimo instrukcijų parsisiuntimas“).

1.4.1 RStudio konfigūravimas

Automatizuotas „RStudio“ susikonfigūravimas demonstruojamas įraše 1.6. Jei reikia lietuviškų paaiškinimų, juos rasite po įrašu.

"bio" %in% installed.packages()
"snippets" %in% installed.packages()

# Nustatyti rekomenduojamas „RStudio“ vartotojo parinktis.
# Kai paklaus, įveskite skaičių, reiškiantį sutikimą, ir
# paspauskite „Enter“
bio::rstudio_reset_user_settings(to = "bio-default", backup = TRUE)

# Nustatyti rekomenduojamus greituosius klavišus
bio::rstudio_reset_keybindings(to = "bio-default", backup = TRUE)

# Įdiegti kodo fragmentus (snippets)
snippets::install_snippets_from_package("snippets", backup = TRUE)

# Įdiegti visus „RStudio“ žodynus
bio::rstudio_install_spellcheck_dictionaries()

# Vartotojo informacijos tikrinimas
bio::check_user_info()

# Reikiamų programų versijų tikrinimas
bio::check_installed_programs()

# Paketo „bio“ versijos tikrinimas.
packageVersion("bio")

# Paketo „snippets“ versijos tikrinimas.
packageVersion("snippets")

# ===========================================================================~
# === Just observe; no need to run the code =================================
# ===========================================================================~

# Expect a vertical line at the 80-symbol margin ------------ HERE ------------>

# Expect invisible symbols to be visualized:
# - Spaces indicated by dots, e.g., ··
# - Every 2 dots grouped by a vertical bar, e.g., ··|··|··
get_tidyverse_version <- function() {
  print(
    packageVersion(
      "tidyverse"
    )
  )
}

# Expect digits, the + sign, and "text" in different colors:
1 + 3
"text"

# Expect the background of color names 
# to match the color specified by the name:
c("red", "black", "#229922", "apple", "rose")

# Expect rainbow-colored brackets (instead of all in the same color)
(((((((((((((((((( c("rainbow parentheses") ))))))))))))))))))

# Expect `dplyr` and `select` to be in different colors
dplyr::select(iris, Species)



# ===========================================================================~
# === Test RStudio functionality ============================================
# ===========================================================================~

# Press Ctrl + R (two keys) in RStudio.
# Expect this shortcut to insert text that contains ```{r}
Ctrl + R

# Write 'times' and press Shift+Tab.
# Expect this word to transform into  ×
times

# Write 'approx' and press Shift+Tab.
# Expect this word to transform into  ≈
approx

# ===========================================================================~
# === Run code in R Console =================================================
# ===========================================================================~

# Run the code
# In the output, expect just a few differences, if any
bio::rstudio_compare_user_settings(to = "bio-default")

ℹ Show differences between current and bio-default setting lists.
✔ No differences

Error in open.connection(3L, "rb") : 
SSL certificate problem: certificate has expired

bio::check_installed_programs(skip_online_check = TRUE)

 Error in .rs.writePrefInternal("rs_writeUserPref", prefName, value) :
 Could not save preferences: system error 13 (Permission denied)
 [path: /Users/user/.config/rstudio, target-dir: ]; 
 OCCURRED AT rstudio::core::Error
 rstudio::core::FilePath::createDirectory(const std::string &)
 const src/cpp/shared_core/FilePath.cpp:838

browseURL("~/.config")

sessionInfo(c("bio", "snippets"))

sessioninfo::session_info(c("bio", "snippets"))

bio::check_installed_programs()

1.4.2 Quarto veikimo tikrinimas

Įrašas 1.8 demonstruoja, kaip pasitikrinti, ar „Quarto“ veikia tinkamai.