1  Programų diegimas ir konfigūravimas

1.1.1 Svarbiausios pastabos ir patarimai

Kelios bendrosios pastabos prieš diegiantis programas:

1. Šiame skyriuje nurodytos programos yra visiškai nemokamos naudoti akademiniais tikslais.

2. Ši svetainė (ir joje esančios instrukcijos) orientuota į operacinės sistemos „Windows“ vartotojus. Kitų sistemų vartotojams kai kurios instrukcijos gali šiek tiek skirtis. Kartais gali būti duodami atskiri nurodymai (pvz., „Mac“ vartotojams) arba tikimasi, kad pagal pavyzdį kitų operacinių sistemų vartotojai atitinkamas instrukcijas susiras patys.

3. Diegiantis programas bei atliekant skaičiavimus procesai vyks žymiai greičiau, jei bus išjungtas kompiuterio energijos taupymas, įjungtas sparčiojo veikimo režimas (angl., high performance) bei prijungtas kompiuterio krovimo laidas. Tad pratybų metu naudodami savo kompiuterį, prijunkite ir krovimo laidą.

4. Jei nepavyksta atsisiųsti arba įdiegti kurios nors iš rekomenduojamų programų, įsitikinkite, kad:

• interneto ryšys yra stabilus, geriausia naudoti „laidinį internetą“, o ne WiFi,
• kietajame diske yra pakankamai vietos,
• antivirusinė programa neblokuoja parsisiuntimo ir diegimo procesų.

5. Kai kurios antivirusinės programos gali klaidingai atpažinti kaip grėsmę kai kuriuos programų „R“ ar „RStudio“ komponentus. Tad diegimo metu gali reikti arba antivirusines programas laikinai išjungti, arba diegiamas programas ar jų komponentus įtraukti į išimtis („baltąjį sąrašą“).

6. Jei diegiant paketus įvyko klaida, perskaitykite, ką programa „R“ parašė. Jei nesuprantate žinutės esmės ar nežinote sprendimo, galite naudoti „Copy-Paste-to-AI“ metodą: nukopijuokite į dirbtinio intelekto įrankį, pvz., „ChatGPT“, „Gemini“ ar „Google Search“ dirbtinio intelekto (DI) režimu, tikslų klaidos tekstą ir paprašykite paaiškinti priežastį bei pasiūlyti sprendimo veiksmus. Kartu nurodykite naudojamą operacinę sistemą („Windows“, „macOS“ ar „Linux“), naudojamą programą (pvz., „R“) bei paketo, kurį diegėte, pavadinimą.

1.1.2 Diegimo ypatybės MacOS sistemoje

Turintys „Mac“ kompiuterius daugumą programų gali įsidiegti naudodami Terminalą („Mac“ komandų langą, angl. „terminal“) ir jo įrankį „Homebrew“:

1. Jei turite „Mac“ ir dar nežinote, kas yra Terminalas ir kaip jį įsijungti, skubiai susiraskite medžiagos internete (pvz., šis įrašas);
2. Atsidarykite Terminalą;
3. Jei neturite, per Terminalą įsidiekite įrankį „Homebrew“ (nuoroda).
4. Komandas, kaip per „Homobrew“ įsidiegti reikiamas programas, lengvai galite susirasti internete:
   1. arba įrankio „Homebrew“ svetainės paieškos laukelyje parašę reikiamą programos pavadinimą gausite informacijos, kaip įsidiegti,
   2. arba „Google“ paieškoje įrašę raktažodžius „brew install“ bei reikiamos programos pavadinimą (pvz., brew install r) gausite patikslintą diegimo komandą.

Aišku, galite diegti programas ne per komandų eilutę, o atsisiųsdami savo operacinei sistemai skirtas instaliacines bylas (kaip tai daro „Windows“ vartotojai).

Taip pat atkreipkite dėmesį, kad programos yra diegiamos per Terminalą, o „R“ papildiniai (paketai) – per „R“ komandų langą „Console“ (t.y., per kitą komandų langą).

1.2.1 R diegimas

„R“ diegimas

Svetainė CRAN (angl. Comperhensive R Archive Network) yra vieta, kur saugoma programa „R“ ir kai kurie jos papildiniai. Toliau pateiktos diegimo instrukcijos pagal operacinę sistemą (skaitykite tik tai, kas aktualu būtent jums):

„R“ diegimas: „Linux“

Pastaba „Linux“ vartotojams. „R“ yra daugelio „Linux“ platinamųjų paketų (angl. distributions) dalis. Tad tikėtina, kad jau yra įdiegta. Visgi, rekomenduotina „R“ atsinaujinti iki naujausios versijos, kuri yra 4.6.1 ar naujesnė.

1. Nueikite į CRAN svetainę: https://cloud.r-project.org/
2. Pasirinkite savo sistemai ir jos platinamajai versijai („distribucijai“) skirtas instrukcijas (pav. 1.2).
3. Pagal tas instrukcijas įsidiekite „R“.

„R“ diegimas: „Mac OS“

Pasirinkite jums priimtinesnį diegimo variantą. Rekomenduoju A, nes tai „Mac“ privalumas. Jei kas nors vyks ne pagal instrukcijas, informuokite biostatistikos paskaitų dėstytoją per „Teams“ arba artimiausio užsiėmimo metu.

Variantas A (rekomenduojama)

1. Atsidarykite Terminalą.
2. Jei neturite, įsidiekite „Homebrew“ (instrukcijos).
3. Naudodami komandų eilutę įsidiekite „R“ (instrukcijos).
4. Vaizdo įrašo 1.1 žiūrėti nereikia.

Variantas B

1. Nueikite į CRAN svetainę: https://cloud.r-project.org/
2. Pasirinkite savo sistemai skirtas instrukcijas (pav. 1.3).
3. Pagal tas instrukcijas įsidiekite „R“:
   • Prieš tai rekomenduoju pažiūrėti „Windows“ vartotojams skirtą įrašą 1.1.

„R“ diegimas: „Windows“

1. Nueikite į CRAN svetainę: https://cloud.r-project.org/.
2. Pasirinkite sistemai „Windows“ skirtą programos „R“ versiją ir ją atsisiųskite (pav. 1.4).
3. Įsidiekite (pav. 1.9).

• Jei reikia, detalus pavyzdys rodomas žemiau esančiame video įraše 1.1 apie „R“ diegimą.

Diegdami „R“ atkreipkite dėmesį:

1. Diegimui pasirinkite aplanką, kurio pavadinime esančios raidės yra tik angliškos, t. y., nėra nei lietuviškų, nei rusiškų, nei kiniškų simbolių (žr. pastabą 4). Į aplanką, kurio pavadinime yra ne angliškų raidžių, programas įdiegti pavyks, bet vėliau dirbant kils problemų ir net neatrodys, kad jos kyla dėl aplanke esančių raidžių.

1.2.2 RStudio diegimas

„RStudio“ diegimas

Programa „RStudio“ yra skirta patogiau dirbti programomis „R“ (naudosime) ir „Python“ (nenaudosime). Kompanija, kuri kuria šią programą, vadinasi „Posit“.

Prieš tęsdami, jau privalote būti įsidiegę programą „R“.

„Mac OS“ vartotojams rekomenduoju naudoti „Homebrew“ (instrukcijos) ir praleisti žemiau esančias instrukcijas.

Instrukcijos:

1. Nueikite į docs.posit.co/ide/user/#rstudio-ide-oss-downloads
2. Parsisiųskite programą:
   • Pasirinkite savo sistemai skirtą programos versiją. „Windows“ vartotojai turėtų rinktis exe bylą, pvz., RStudio-2026.08.2-200.exe (ar naujesnė versiją).
3. Programą įsidiekite. Diegimas yra ganėtinai intuityvus. Tik atkreipkite dėmesį, kad šiam kursui reikia, jog įsidiegtumėte visiems vartotojams (all users), kaip rodoma 1.10. Tam reikalingos sistemos administratoriaus teisės.

Įrašas 1.2 demonstruoja, kaip įsidiegti senesnę „RStudio“ versiją. Parsisiuntimo dalis tarp 0:22 ir 1:24 yra visiškai pasenusi, tačiau likusi - turi vertės.

1.2.3 Quarto diegimas

„Quarto“ diegimas

„Quarto“ yra techninių ir mokslinių dokumentų (užrašų, konspektų, analizės ataskaitų, mokslinių straipsnių, skaidrių, knygų…) rengimui skirtas įrankis.

„Mac“ vartotojai „Quarto“ gali atsisiųsti naudodami „Homebrew“ (instrukcijos).

Kitų sistemų vartotojai:

1. Eikite į quarto.org/docs/download/
2. Pasirinkite reikiamą „Quarto“ versijos kortelę.
3. Pasirinkite jūsų kompiuterio operacinei sistemai pritaikytą programos versiją. Kaip ir „RStudio“ atveju, jei siunčiatės iš savo kompiuterio, jums pakaks paspausti didįjį mėlyną mygtuką (pav. 1.11).

Diegimas yra labai intuityvus, tad jo toliau nebekomentuosiu.

1.3.1 Paketų diegimas

„R“ paketas (angl. package) – tai standartizuotas „R“ papildinys, praplečiantis programos galimybes, suteikiantis naujų funkcijų ar (mokomųjų) duomenų. Dažnai kitų programavimo kalbų specialistai paketus klaidingai vadina bibliotekomis: programoje „R“ biblioteka yra aplankas, į kurį yra įdiegti paketai (paketą vadinti biblioteka yra panašu kaip knygą vadinti lentyna, kurioje ta knyga yra). Šiame poskyryje bus išsamiai apžvelgta „R“ paketų diegimo eiga ir pateiktas kodas, skirtas įsidiegti rekomenduojamus paketus. Taip pat bus pateikta keletas sprendimų dažniausiai iškylančioms paketų diegimo problemoms.

Paketų diegimo eiga: susipažinimas

Video epizode 1.3 demonstruojama, kaip įsidiegti paketus.

Jei jums diegiantis atsirastų papildomų langų ar užrašų, kurie nebuvo demonstruoti įraše, peržvelkite žemiau paslėptoje sekcijoje „CRAN paketų diegimas: teorija“ esančią informaciją. Galbūt ten rasite reikiamą atsakymą. O jei viskas pagal pavyzdį įvyko sklandžiai, tada galite pereiti prie kito skyriaus.

CRAN paketų diegimas: teorija

Paketai gali būti atsiunčiami iš skirtingų vietų, todėl siuntimui naudojami skirtingi programos kodai. Pvz., siunčiant iš pagrindinės saugyklos CRAN, naudojama komanda install.packages() arba remotes::install_cran(), siunčiant iš „GitHub“, naudojama – remotes::install_github() (bet šiam variantui kai kuriais atvejais reikia papildomų įrankių, pvz., „Windows“ sistemoje jie vadinami Rtools; apie diegimą iš „GitHub“ plačiau šiame skyriuje nesimokysime), ir t.t. Dabar susipažinsime su standartine paketų diegimo eiga.

Sakykime, norime įdiegti paketą devtools. Tada „RStudio“ lange „Console“ (komandų langas) įrašome komandą

install.packages("devtools")

ir paspaudžiame klavišą Enter. (Pastaba: > rašyti nereikia, šis simbolis tiesiog matomas komandų lange.) Kol vyksta diegimas, tol dega (su laikinais užgesimais) „STOP“ ženkliukas (1.12C). Kai diegimas baigiasi, „Console“ lange pasirodo „>“ simbolis (laukiama naujos komandos). Iliustracija pateikta pav. 1.12.

Lange „Console“ (A) parašomas/įklijuojamas programos kodas (B) ir paspaudžiamas klavišas Enter. Atsiranda „STOP“ ženkliukas (C), užrašai, rodantys, kad paketai parsiunčiami ir diegiami (D) bei atsisiuntimo progreso juosta, kuri pakartotinai pasirodo daugybę kartų (čia neparodyta). Sėkmingai įsidiegus paketui, atsiranda apie tai pranešantys užrašai (E), išnyksta „STOP“ ženklas bei atsiranda „>“ simbolis (F), rodantis, kad „R“ laukia naujos komandos. Jei paketas nebūtų įdiegtas sėkmingai, „R“ taip pat parašytų priežastį.

Jei dega „STOP“ ženkliukas, bet atrodo, kad diegimas nevyksta, įsitikinkite, kad nėra lentelės, pavaizduotos pav. 1.13 (ši lentelė gali būti „pasislėpusi“ už kitų langų), bei kad programa nelaukia jūsų sprendimo (pav. 1.14).

Naudojant „R“ (ypač sistemoje „Windows“), vietoje 1.14 pav. vaizduojamų komandų gali iššokti lentelė, panaši į pavaizduotąją pav. 1.13. Paketus diegiantis pirmą kartą, tokio tipo lentelė gali pasirodyti net kelis kartus.

Diegimo instrukcijų parsisiuntimas

1. Savo kompiuteryje, tarkime D: diske, susikurkite aplanką, kuriame saugosite visus kurso pratybų resursus. Aplanką galite pasivadinti Biostatistika, BS-2026, pratybos ar panašiai. Toliau šį aplanką vadinsiu kurso pratybų aplanku ir darysiu prielaidą, kad kelias iki aplanko yra D:/Biostatistika
2. Į naršyklės parsiuntimo aplanką parsisiųskite ZIP bylą, kurioje yra diegimui skirti resursai (pav. 1.1). Nuorodą rasite po turiniu dešinėje, jei naršyklės langas pakankamai platus.
3. ZIP byloje esantį aplanką BS-2026--00-install nutempkite į kurso pratybų aplanką. Tad kelias iki aplanko su resursais turėtų būti: D:/Biostatistika/BS-2026--00-install
4. Aplanką su resursais atsidarykite „RStudio“ lange „Files“ (pav. 1.15).

# 1. Paketų diegimas =========================================================

# 1-A. Paketas "remotes" įdiegiamas iš CRAN ----------------------------------
install.packages("remotes")

# 1-B. Kiti pagrindiniai paketai diegiami iš CRAN ----------------------------
paketai_1 <- c(
  "tidyverse", "fs", "data.table", "writexl", "withr", "zip",
  "shiny", "esquisse", "officer", "DescTools", "rstatix", "ci", "cld",
  "ggpubr", "gghighlight", "patchwork", "plotly", "rvg",
  "knitr", "rmarkdown", "quarto", "styler", "lintr", "reprex", "cheatsheet",
  "pak", "pacman", "rstudioapi", "rstudio.prefs", "usethis", "hunspell"
)

remotes::install_cran(paketai_1, dependencies = TRUE)


# 1-C. Paketai diegiami iš į CRAN panašios saugyklos -------------------------
paketai_2 <- c("bio", "addin.tools", "addins.qmd", "addins.rs", "snippets")

repos <- c("https://mokymai.github.io/download/", getOption("repos"))
remotes::install_cran(paketai_2, repos = repos, dependencies = TRUE)


# Patikrinama, ar įsidiegė ===================================================

# 1-D. Apibendrinta patikra (vienas atsakymas):
#  - jei visi paketai įsidiegė, atsakymas bus TRUE
#  - jei bent vieno trūksta – FALSE
# Pvz.:
## Visi įdiegti
##        TRUE
tikrinimui <- c(paketai_1, paketai_2)
jau_idegta <- tikrinimui %in% rownames(installed.packages())
c("Visi įdiegti" = all(jau_idegta))

# Išplėstinė patikslinančioji patikra (atsakymas bus tik tada, jei kažko trūksta):
# - jei prie pavadinimo yra TRUE, paketas įdiegtas
# - jei prie pavadinimo yra FALSE, diegimą reikia pakartoti
if (!all(jau_idegta)) jau_idegta |> setNames(tikrinimui) |> as.matrix()


# 1-E. Paketo "bio" versija turi būti bent 0.3.2, pvz.:
## [1] '0.3.2'
packageVersion("bio")

1.3.2 Įdiegtų paketų tikrinimas

Langas Packages

Norėdami pasitikrinti, ar turite reikiamą paketą arba reikiamą jo versiją, galite naudotis „RStudio“ langu „Packages“. Šio lango paieškos langelyje parašę dominančio paketo pavadinimą, jį pamatysite žemiau esančiame sąraše (jei paketas yra įdiegtas). Pastaba: tam, kad būtų matoma paketo versija, lango „Packages“ plotis turėtų būti pakankamai didelis.

1.3.3 Kilus problemų diegiant paketus

1.3.4 Įdiegtų programų tikrinimas

Kai rekomenduojami paketai įdiegti galime pasitikrinti, ar reikiamos programos yra įdiegtos. Tam reikalingas paketas bio (jei atlikote visas ankstesnes instrukcijas, tada šį paketą turite). „RStudio“ „Console“ lange įvykdyti kodą:

# Tikimasi atsakymo TRUE
"bio" %in% installed.packages()

# Reikiamų programų versijų tikrinimas
bio::check_installed_programs()

Tikimasi, kad „R“, „RStudio“ ir „Quarto“ yra įdiegtos. Kitų programų statusas šiuo metu yra nesvarbus. Jūsų kompiuteryje rezultatas gali atrodyti taip (tik kiekvienoje eilutėje bus daugiau informacijos):

✔ Program R
✔ Program RStudio
✔ Tool Quarto

Šie kodai pateikti byloje 02--verify-installed-programs.R iš resursų aplanko (žr. „Diegimo instrukcijų parsisiuntimas“).

# 2. Patikrinkite, ar reikiamos programos įdiegtos ===========================

# 2-A. Paketas "bio" privalo būti įdiegtas (tikimasi atsakymo TRUE)
"bio" %in% installed.packages()

# ----------------------------------------------------------------------------

# 2-B. Tikimasi analogiško rezultato:
# ✔ Program R
# ✔ Program RStudio
# ✔ Tool Quarto
bio::check_installed_programs(skip_online_check = TRUE)

# 2-C. Papildomai galite pasitikrinti, ar yra atnaujinimas internete
# (reikia interneto ryšio ir šiek tiek palaukti)
bio::check_installed_programs()

# ----------------------------------------------------------------------------

1.4.1 RStudio konfigūravimas

Automatizuotas „RStudio“ susikonfigūravimas demonstruojamas įraše 1.6. Jei reikia lietuviškų paaiškinimų, juos rasite po įrašu.

c("bio", "snippets") %in% installed.packages()

# Nustatyti rekomenduojamas „RStudio“ vartotojo parinktis.
# Kai paklaus, įveskite skaičių, reiškiantį sutikimą, ir
# paspauskite „Enter“
bio::rstudio_reset_user_settings(to = "bio-default", backup = TRUE)

# Nustatyti rekomenduojamus greituosius klavišus
bio::rstudio_reset_keybindings(to = "bio-default", backup = TRUE)

# Įdiegti kodo fragmentus (snippets)
snippets::install_snippets_from_package("snippets", backup = TRUE)

# Įdiegti visus „RStudio“ žodynus
bio::rstudio_install_spellcheck_dictionaries()

# Vartotojo informacijos tikrinimas
bio::check_user_info()

# Reikiamų programų versijų tikrinimas
bio::check_installed_programs()

# Paketo „bio“ versijos tikrinimas.
packageVersion("bio")

# Paketo „snippets“ versijos tikrinimas.
packageVersion("snippets")

# ===========================================================================~
# === Tik stebėkite; kodo vykdyti nereikia ==================================~
# ===========================================================================~

# Ties 80 simbolių riba turėtų būti rodoma vertikali linija ------ ČIA -------->

# Turėtų būti rodomi nematomi simboliai:
# - Tarpai žymimi taškais, pvz., ··
# - Kiekvieni 2 taškai sugrupuojami vertikalia juosta, pvz., ··|··|··
get_tidyverse_version <- function() {
  print(
    packageVersion(
      "tidyverse"
    )
  )
}

# Skaitmenys, ženklas + ir „text“ turėtų būti skirtingų spalvų:
1 + 3
"text"

# Spalvų pavadinimų fonas turėtų atitikti pavadinimu nurodytą spalvą
# (ne visi pavadinimai nurodo spalvas):
c("red", "black", "#229922", "apple", "rose")

# Skliaustai turėtų būti vaivorykštės spalvų, o ne visi vienos spalvos
(((((((((((((((((( c("rainbow parentheses") ))))))))))))))))))

# `dplyr` ir `select` turėtų būti skirtingų spalvų
dplyr::select(iris, Species)



# ===========================================================================~
# === Išbandykite RStudio funkcijas ==========================================
# ===========================================================================~

# Paspauskite Ctrl + R (du klavišus) RStudio aplinkoje.
# Šis spartusis klavišas turėtų įterpti tekstą, kuriame yra ```{r}
Ctrl + R

# Parašykite „times“ ir paspauskite Shift+Tab.
# Šis žodis turėtų virsti į  ×
times

# Parašykite „approx“ ir paspauskite Shift+Tab.
# Šis žodis turėtų virsti į  ≈
approx



# ===========================================================================~
# === Vykdykite kodą R lange "Console" =======================================
# ===========================================================================~

# Vykdykite kodą
# Išvestyje turėtų būti tik keli skirtumai, jei jų apskritai yra.
# Pavyzdys:
## ℹ Comparing 'current' RStudio settings to 'bio-default' (321 keys).
## ✔ 314 settings match.
## ✖ 7 difference(s) found.

bio::rstudio_compare_user_settings(to = "bio-default", output = "minimal")

ℹ Show differences between current and bio-default setting lists.
✔ No differences

Error in open.connection(3L, "rb") : 
SSL certificate problem: certificate has expired

bio::check_installed_programs(skip_online_check = TRUE)

 Error in .rs.writePrefInternal("rs_writeUserPref", prefName, value) :
 Could not save preferences: system error 13 (Permission denied)
 [path: /Users/user/.config/rstudio, target-dir: ]; 
 OCCURRED AT rstudio::core::Error
 rstudio::core::FilePath::createDirectory(const std::string &)
 const src/cpp/shared_core/FilePath.cpp:838

browseURL("~/.config")

sessionInfo(c("bio", "snippets"))

sessioninfo::session_info(c("bio", "snippets"))

bio::check_installed_programs()

1.4.2 Quarto veikimo tikrinimas

Įrašas 1.8 demonstruoja, kaip pasitikrinti, ar „Quarto“ veikia tinkamai.