2 Programų diegimas ir konfigūravimas (santrauka)

Tai diegimo ir konfigūravimo instrukcijų santrauka, skirta pažengusiems vartotojams. Jei diegiatės pirmą kartą, rekomenduoju žiūrėti skyrių su diegimo instrukcijomis ir paaiškinimais.

Pasirengimas:

Laikinai sustabdykite antivirusines programas.
Prisijunkite greitą stabilų internetą.
Įsijunkite krovimo laidą.
Įsijunkite greitąjį kompiuterio veikimo režimą (angl. high performance mode), jei toks yra.

Windows:

Parsisiųskire ir įsidiekite programas „R“, „RStudio“ ir „Quarto“:

„R“ (https://cloud.r-project.org/bin/windows/base/);
„RStudio Desktop“ (free) https://docs.posit.co/ide/user/#rstudio-ide-oss-downloads;
„Quarto“ https://quarto.org/docs/download/.

Mac OS:

Naudokite Homebrew (https://brew.sh/) per terminalą atsisiųkite ir įsidiekite programas „R“, „RStudio“ ir „Quarto“:

brew install r

brew install --cask rstudio

brew install --cask quarto

Visiems — pagrindinių paketų diegimas. „RStudio“ lange „Console“ vykdykite šį kodą:

# 1. Paketų diegimas =========================================================

# 1-A. Paketas "remotes" įdiegiamas iš CRAN ----------------------------------
install.packages("remotes")

# 1-B. Kiti pagrindiniai paketai diegiami iš CRAN ----------------------------
paketai_1 <- c(
  "tidyverse", "fs", "data.table", "writexl", "withr", "zip",
  "shiny", "esquisse", "officer", "DescTools", "rstatix", "ci", "cld",
  "ggpubr", "gghighlight", "patchwork", "plotly", "rvg",
  "knitr", "rmarkdown", "quarto", "styler", "lintr", "reprex", "cheatsheet",
  "pak", "pacman", "rstudioapi", "rstudio.prefs", "usethis", "hunspell"
)

remotes::install_cran(paketai_1, dependencies = TRUE)


# 1-C. Paketai diegiami iš į CRAN panašios saugyklos -------------------------
paketai_2 <- c("bio", "addin.tools", "addins.qmd", "addins.rs", "snippets")

repos <- c("https://mokymai.github.io/download/", getOption("repos"))
remotes::install_cran(paketai_2, repos = repos, dependencies = TRUE)


# Patikrinama, ar įsidiegė ===================================================

# 1-D. Apibendrinta patikra (vienas atsakymas):
#  - jei visi paketai įsidiegė, atsakymas bus TRUE
#  - jei bent vieno trūksta – FALSE
# Pvz.:
## Visi įdiegti
##        TRUE
tikrinimui <- c(paketai_1, paketai_2)
jau_idegta <- tikrinimui %in% rownames(installed.packages())
c("Visi įdiegti" = all(jau_idegta))

# Išplėstinė patikslinančioji patikra (atsakymas bus tik tada, jei kažko trūksta):
# - jei prie pavadinimo yra TRUE, paketas įdiegtas
# - jei prie pavadinimo yra FALSE, diegimą reikia pakartoti
if (!all(jau_idegta)) jau_idegta |> setNames(tikrinimui) |> as.matrix()


# 1-E. Paketo "bio" versija turi būti bent 0.3.2, pvz.:
## [1] '0.3.2'
packageVersion("bio")

Visiems — tikrinimas. „RStudio“ lange „Console“ vykdykite:


# 2. Patikrinkite, ar reikiamos programos įdiegtos ===========================

# 2-A. Paketas "bio" privalo būti įdiegtas (tikimasi atsakymo TRUE)
"bio" %in% installed.packages()

# ----------------------------------------------------------------------------

# 2-B. Tikimasi analogiško rezultato:
# ✔ Program R
# ✔ Program RStudio
# ✔ Tool Quarto
bio::check_installed_programs(skip_online_check = TRUE)

# 2-C. Papildomai galite pasitikrinti, ar yra atnaujinimas internete
# (reikia interneto ryšio ir šiek tiek palaukti)
bio::check_installed_programs()

# ----------------------------------------------------------------------------

Visiems — konfigūravimas. „RStudio“ lange „Console“ vykdykite (kiekvieną dalį — 3-A, 3-B, … — atskirai):


# 3. RStudio konfigūravimas ==================================================

# 3-A. Paketai "bio" ir "snippets" privalo būti įdiegti
# Tikimasi atsakymo "[1] TRUE TRUE"
c("bio", "snippets") %in% installed.packages()

# ----------------------------------------------------------------------------

# 3-B. RStudio vartotojo nustatymų keitimas į bio-default
bio::rstudio_reset_user_settings(to = "bio-default", backup = TRUE, ask = FALSE)

# 3-C. RStudio greitųjų klavišų keitimas į bio-default
bio::rstudio_reset_keybindings(to = "bio-default", backup = TRUE)

# 3-D. RStudio kodo fragmentų (snippets) įdiegimas
snippets::install_snippets_from_package("snippets", backup = TRUE)

# 3-E. RStudio žodynų įdiegimas
bio::rstudio_install_spellcheck_dictionaries()

# ----------------------------------------------------------------------------

Visiems — tikrinimas. Susikurkite „R Script“ (.R) bylą su žemiau nurodytu turiniu ir ją išsisaugokite. Atlikite apršytus veiksmus:


# ===========================================================================~
# === Tik stebėkite; kodo vykdyti nereikia ==================================~
# ===========================================================================~

# Ties 80 simbolių riba turėtų būti rodoma vertikali linija ------ ČIA -------->

# Turėtų būti rodomi nematomi simboliai:
# - Tarpai žymimi taškais, pvz., ··
# - Kiekvieni 2 taškai sugrupuojami vertikalia juosta, pvz., ··|··|··
get_tidyverse_version <- function() {
  print(
    packageVersion(
      "tidyverse"
    )
  )
}

# Skaitmenys, ženklas + ir „text“ turėtų būti skirtingų spalvų:
1 + 3
"text"

# Spalvų pavadinimų fonas turėtų atitikti pavadinimu nurodytą spalvą
# (ne visi pavadinimai nurodo spalvas):
c("red", "black", "#229922", "apple", "rose")

# Skliaustai turėtų būti vaivorykštės spalvų, o ne visi vienos spalvos
(((((((((((((((((( c("rainbow parentheses") ))))))))))))))))))

# `dplyr` ir `select` turėtų būti skirtingų spalvų
dplyr::select(iris, Species)



# ===========================================================================~
# === Išbandykite RStudio funkcijas ==========================================
# ===========================================================================~

# Paspauskite Ctrl + R (du klavišus) RStudio aplinkoje.
# Šis spartusis klavišas turėtų įterpti tekstą, kuriame yra ```{r}
Ctrl + R

# Parašykite „times“ ir paspauskite Shift+Tab.
# Šis žodis turėtų virsti į  ×
times

# Parašykite „approx“ ir paspauskite Shift+Tab.
# Šis žodis turėtų virsti į  ≈
approx



# ===========================================================================~
# === Vykdykite kodą R lange "Console" =======================================
# ===========================================================================~

# Vykdykite kodą
# Išvestyje turėtų būti tik keli skirtumai, jei jų apskritai yra.
# Pavyzdys:
## ℹ Comparing 'current' RStudio settings to 'bio-default' (321 keys).
## ✔ 314 settings match.
## ✖ 7 difference(s) found.

bio::rstudio_compare_user_settings(to = "bio-default", output = "minimal")

Visiems — tikrinimas. Susikurkite naują „Quarto“ bylą su žemiau nudotu turiniu, ją išsaugokite ir paspauskite mygtuką „Render“, kad patikrintumėte, ar viskas veikia:

---
title: "Analysis Report"
subtitle: "Testing Quatro Functionality"
pagetitle: "Test-1"
author: "Scientist"
date: today 
date-format: iso
embed-resources: true
format:
  html:
    number-sections: true
    toc: true
    toc-depth: 3
    df-print: paged
editor: source
---

# Import Data

Import data table called `DNAse`.

```{r}
data("DNase", package = "datasets")
```

# Analyze Data

## Inspection

Show several rows of data.

```{r}
#| label: tbl-head
#| tbl-cap: Several top rows of data.

head(DNase)
```

```{r}
#| label: tbl-tail
#| tbl-cap: Several last rows of data.

tail(DNase)
```

## Plotting

[@fig-dnase-01] shows relationship between concentration and density of a protein.

```{r}
#| label: fig-dnase-01
#| fig-width: 7
#| fig-height: 4
#| fig-cap: Density vs. concentration of a protein.
plot(density ~ conc, data = DNase)
```

Parsisiųsti: