6. RStudio pradmenys


Šio skyriaus medžiaga vis dar rengiama!
Dabartinė versija skirta tik peržiūrėjimui ir gali smarkiai keistis.







“Everything is hard before it is easy.”

Johann Wolfgang von Goethe


Programa „RStudio“ (pav 1.2) yra patogesniam darbui su „R“ skirta aplinka, t. y., pagalbinė programa, valdanti „R“. Šis skyrius skirtas išsamiau susipažinti su svarbiausiais „RStudio“ aspektais. Jame nagrinėsime organizacinius ir pagalbinius duomenų analizės bei darbo programa „R“ aspektus. Išsamesnei pažinčiai su programos „R“ kodu bus skirtos kitos temos.

Tikslas – išsamiau susipažinti su svarbiausiais darbo programa „RStudio“ aspektais.

Nagrinėjant šio skyriaus medžiagą, gali būti naudinga atmintinė RStudio IDE Cheat Sheet .

6.1 Svarbiausi RStudio langai

Standartiškai „RStudio“ langai yra išdėstyti 4 langų gupėmis (panelėmis, angl. Panes, pav. 6.1). Šiose grupėse svarbiausi tam tikras funkcijas atliekantys langai išdėstyti kortelėmis (angl. Tabs):

  1. Komandų langas „Console“ („konsolė“);
  2. Redaktoriaus langas (angl. source code editor) – gali būti uždarytas;
  3. Aplinkos (Environment) bei komandų istorijos (History) langai;
  4. Naršymo po aplankus (Files), paveikslų peržiūros (Plots), papildinių (Packages), pagalbos (Help) ir dokumentų bei iteraktyvių paveilslų peržiūros (Viewer) langai.

Pirmą kartą atsidarius programą, redaktoriaus langas gali būti uždarytas. Jei jo trūksta, paspauskite Ctrl+Shift+N ir jis atsidarys.

Keturios pagrindinės programos „RStudio“ langų grupės (1-4), langų išdėstymą valdantis meniu (5A, 5B), pagrindinė programos meniu juosta viršuje (6) bei dabartinio projekto pavadinimas (7).
Paveiksle vaizduojamas langų išdėstymas šioje svetainėje bus vadinamas *standartiniu*.  
Kai kurie rečiau naudojami langai nepaminėti.

Pav. 6.1: Keturios pagrindinės programos „RStudio“ langų grupės (1-4), langų išdėstymą valdantis meniu (5A, 5B), pagrindinė programos meniu juosta viršuje (6) bei dabartinio projekto pavadinimas (7). Paveiksle vaizduojamas langų išdėstymas šioje svetainėje bus vadinamas standartiniu.
Kai kurie rečiau naudojami langai nepaminėti.

Jei programą atsidarote pirmą kartą, redaktoriaus lango, pažymėto numeriu 2 (pav. 6.1) galite ir nematyti. Tai įprasta.


Video epizodas 6.1 „RStudio“: svarbiausių langų apžvalga.



Video epizodas 6.2 „RStudio“: langų išdėstymas, dydis ir spalvos.


Užduotis 6.1 Atsidarę programą „RStudio“ pažiūrėkite, ar matote visus keturis langus, vaizduojamus pav. 6.1. Jei trūksta lango Nr. 2, paspauskite Ctrl+Shift+N ir atsidarys „R“ programos kodui rašyti ir išsaugoti skirtas langas („R Script“).

6.2 Komandų langas Console

Svarbiausias pirmosios langų grupės (pav. 6.1) langas yra komandų langas (pultas, „konsolė“, angl. console). Tai pagrindinis bendravimo su programa langas: čia rašome komandas ir gauname skaitinius arba žodinius atsakymus iš programos „R“. Jei komandų lange dega „>“ ženkliukas (angliškai vadinamas prompt), vadinasi, programa pasirengusi priimti jūsų komandas. Norėdami, kad jos būtų įvykdytos, įrašome programos kodą ir paspaudžiame Enter. Jei komandos vykdymas trunka ilgai, užsidega „Stop“ ženkliukas stop. Kai jis užgęsta – skaičiavimas baigtas. Jei norime nutraukti skaičiavimą anksčiau laiko, paspaudžiame šį ženkliuką. Jei norime išvalyti komandų langą, spaudžiame ikoną, kurioje vaizduojama šluota, arba Ctrl+L Jei lange vietoje > dega +, vadinasi, nebaigta vesti komanda. Šiuo atveju yra 2 išeitys: arba įvesti komandą iki galo (jei žinome, kokia ta komanda), arba vieną ar kelis kartus paspausti „Escape“ (Esc) klavišą, kol vėl atsiras > ženklas (pav. 6.2).

Vienas iš galimų sprendimų, jei komandų lange vietoje **`>`** dega **`+`**, yra kelis kartus paspausti <kbd>Esc</kbd>. 
Iliustracijos šaltinis: [<i class="fa fa-external-link-alt" aria-hidden="true"></i>](https://bookdown.org/ndphillips/YaRrr/debugging.html){target="_blank"} (© N.D. Phillips) .

Pav. 6.2: Vienas iš galimų sprendimų, jei komandų lange vietoje > dega +, yra kelis kartus paspausti Esc. Iliustracijos šaltinis: (© N.D. Phillips) .

Užduotis 6.2

  1. Perskaitykite, kas parašyta komandų lange, kai vos tik paleidžiate programą. Kokia tai informacija?
  2. Išvalykite komandų langą.
  3. Naudodamiesi komandų langu įvykdykite komandą „trys minus dvidešimt“: 3 - 20. Rezultatas turėtų būti „[1] -17“. [1] rodo, kad -17 yra pirmasis elementas eilutėje.

6.3 Redaktoriaus langas

Antrai langų grupei (pav. 6.1) priklauso redaktoriaus langas (angl. source code editor). Šiame lange atidaromi įvairūs tekstiniai dokumentai, kurie naudojami kaip užrašų knygutė programos kodui bei tekstui. Pvz., „R“ programos kodui skirtas „R Script“, ataskaitoms ar kitokiems dokumentams rengti – „R Markdown“ formatai.

6.3.1 Naujų dokumentų kūrimas

Jei programą atsidarote pirmą kartą, redaktoriaus lango galite ir nematyti. Tokiu atveju paspauskite Ctrl+Shift+N ir atsidarys „R“ programos kodui rašyti (ir išsaugoti) skirtas langas („R Script“). Taip pat galite naudoti pav. 6.3 pateiktas instrukcijas.

Žingsniai, kaip  „RStudio“ redaktoriaus lange atsidaryti programos kodui skirtą „R Script“ dokumentą. 
Numeriais pažymėti punktai rodo vietas, kur reikia spausti pele.

Pav. 6.3: Žingsniai, kaip „RStudio“ redaktoriaus lange atsidaryti programos kodui skirtą „R Script“ dokumentą. Numeriais pažymėti punktai rodo vietas, kur reikia spausti pele.

Analogišku būdu kuriami dokumentai ir tada, kai redaktoriaus langas atidarytas. Jie atsiras naujose kortelėse.

Šio kurso metu svariausia mokėti susikurti šių tipų dokumentus:

  1. „R script“ (plėtinys .r arba .R) – „R“ programos kodui skirti dokumentai;
  2. „R Markdown“/„R Notebook“ (plėtinys .Rmd) – interaktyviai analizei ir dinaminių dokumentų/ataskaitų rengimui skirti dokumentai;
  3. Įprastiniai tekstiniai dokumentai (plėtinys įprastai .txt, bet gali būti ir kitoks).

Užduotis 6.3

  1. Patikrinkite, ar matote visus keturis „RStudio“ langus, vaizduojamus pav. 6.1. Jei kurio nors trūksta, atsidarykite.
  2. Įsitikinkite, kad programoje „RStudio“ nustatyta UTF-8 koduotė. Jei nepamenate kaip, žiūrėkite skyriuje 3.6.4.

6.3.2 Egzistuojančių bylų atidarymas

Jau egzistuojantčio bylos gali būti atidaromos naudojantis langu „Files“ (skyrius 6.7.6). Reikia susirasti bylą ir vieną kartą paspausti jos pavadinimą. Jei tai „Rstudio“ palaikoma tekstinė byla, ji atsidarys redaktoriaus lange.

Bylas galima atverti ir naudojant „RStudio“ meniu mygtuką Atverti bylą, kuris matomas ir pav. 6.3. Atkreipkite dėmesį, kad ties mygtuku yra 2 aktyviosios zonos: pirmoji gali atidaryti bet kokią byla, antroji – tą, kuri neseniai buvo peržiūrima programa „RStudio“.

6.3.3 UTF-8 koduotė

Kai programa „RStudio“ atsidarote dokumentą, jei atidaromos bylos koduotė nesutampa su naudojama programoje „RStudio“, matysite iškraipytą tekstą. Tad, dirbant su lietuviškais simboliais, įprastai reikia pasirinkti UTF-8 koduotę. UTF-8 – tai kompiuterinis simbolių kodavimo standartas, kuriuo kompiuteryje gali būti užrašomos ir lietuviškos raidės. Kaip pasirinkti tinkamą koduotę, rašoma priede „3.6.4 [RStudio: UTF-8 koduotė dokumentams]“. Tai užtenka padaryti vieną kartą (t.y., vos tik įsidiegus programą).

Koduotę galite parinkti ir kiekvienam dokumentui atskirai naudodami dokumento koduotės pasirinkimo langą, atidaromą per „RStudio“ meniu:

  • „RStudio“ menu → File → Reopen with Encoding… (pav. 6.4).
Pakeisti bylos koduotę (jei simboliai iškraipyti).

Pav. 6.4: Pakeisti bylos koduotę (jei simboliai iškraipyti).

6.3.4 Dokumentų išsaugojimas

Dokumentų, kurie yra neišsaugoti, korteles „RStudio“ pažymi žvaigždute (*) ir įprastai nudažo kitokia spalva (pav. 6.5), nei išsaugotų.

Neišsaugoto ir išsaugoto dokumentų kortelių pavyzdžiai naudojant šviesią „RStudio“ temą.

Pav. 6.5: Neišsaugoto ir išsaugoto dokumentų kortelių pavyzdžiai naudojant šviesią „RStudio“ temą.

Dokumentus galime išsaugoti paspaudę Ctrl+S (rekomenduoju šią kombinaciją spausti reguliariai). Taip pat šiam tikslui skirti mygtukai Išsaugoti bylą, kurie matomi ir pav. 6.3: pirmasis išsaugo dabartinę bylą, antrasis – visas neišsaugotas bylas. Daugiau išsaugojimo (ir pervadinimo) galimybių rasite naudodami „RStudio“ meniu „File“ (pav. 6.6).

„RStudio“ bylų išsaugojimo ir pervadinimo meniu.

Pav. 6.6: „RStudio“ bylų išsaugojimo ir pervadinimo meniu.

6.3.5 Programos kodo vykdymas

Norėdami įvykdyti redaktoriaus lange parašytas komandas, programos kodą pažymime pele ir spaudžiame mygtuką „Run“ („Run“) arba klavišų kombinaciją Ctrl+Enter. Jei teikiate pirmenybę greitųjų klavišų kombinacijoms, pažymėję kodą paspauskite Ctrl+Enter (arba Cmd+Enter, jei naudojate „MacOS“). Kitas variantas yra nežymėti teksto, o žymeklį palikti pirmojoje norimo vykdyti kodo eilutėje (jei komanda parašyta per kelias eilutes) ir paspausti tą pačią kombinaciją arba mygtuką „Run“.

Užduotis 6.4

  1. Redaktoriaus lange padėkite grotelių simbolį # (komentaro ženklą, kuris galioje iki eilutės pabaigos) ir raštu glaustai apibūdinkite, kas yra „R“ ir kas yra „RStudio“? Kuo skiriasi? Kuri iš programų – svarbesnė (kuri be kurios kita neveiktų)?
  2. Redaktoriaus lange naujoje eilutėje (be grotelių) įrašykite 2 + 3, šią išraišką pažymėkite pele ir paspauskite Ctrl+Enter. Kuriame lange atsirado atsakymas „[1] 5“?

6.3.6 Lokalė

Jei atsidarius dokumentą visi simboliai rodomi tinkamai, o iškraipymai atsiranda tik programos kode (pvz., “ą” vaizduojama kaip “a”, kitos raidės pakeistos „kringeliais“ ar apskritai nerodomos), gali būti, kad nustatyta neteisinga lokalė. Lokalė – tai nuo kalbos ir vietovės priklausančios programų, dokumentų bei teksto savybės1. Pvz., savaitės dienų pavadinimai. Tad jei dirbsite su duomenimis, kuriuose yra lietuviškų raidžių bei pavadinimų, vienas iš dalykų, kurį turite padaryti yra nusistatyti lietuviškąją lokalę. Žemiau pateiktas kodas, kaip tai padaryti sistemoje „Windows“.

Lokalės peržiūrėjimas (rezultatas priklauso nuo operacinės sistemos):

Sys.getlocale()
## [1] "LC_COLLATE=Lithuanian_Lithuania.1257;LC_CTYPE=Lithuanian_Lithuania.1257;LC_MONETARY=Lithuanian_Lithuania.1257;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=Lithuanian_Lithuania.1257"

„Linux“ sistemų naudotojai visas įdiegtas lokales gali sužinoti parašę komandą:

system("locale -a")

Lokalės keitimas operacinėje sistemoje „Windows“:

# „Windows“ naudotojams
Sys.setlocale(locale = "Lithuanian")
# „Mac OS“ ir kai kurioms „Linux“ versijoms
Sys.setlocale(locale = "lt_LT.UTF-8")
Sys.setlocale(locale = "lt_LT.utf8")

Jei dirbate su lietuviškais simboliais, šį kodą reikia vykdyti kiekvieną kartą perkrovus programą „R“. Jei programoje „R“ nustatyta lokalė veikia neteisingai, įsitikinkite, kad jūsų kompiuterio operacinės sistemos lokalė taip pat lietuviška (kai kuriais atvejais, operacinės sistemos lokalė gali užgožti programoje „R“ nustatytąją).

6.4 Paketų valdymo langas „Packages“

Apie šį langą plačiau kalbama skyriuje „7 [R paketai]“ bei poskyryje „7.2 [RStudio langas Packages]“.

6.5 Pagalbos langas

Vienas iš centrinių „R“ kodo elementų yra funkcija (žr. skyriuje 4.3.1). Norint rasti kurios nors funkcijos aprašymą ar naudojimo pavyzdžių galime pasinaudoti pagalbos langu „Help“. Šį langą galime atsidaryti tokiais būdais:

  1. naudodamiesi pele (pav. 6.7),
  2. redaktoriaus lange pažymėję funkcijos pavadinimą ir paspaudę F1,
  3. naudodami specializuotas funkcijas, tokias kaip help(), ?, ??.

Kaip naudotis langu, paaiškinta pav. 6.7.

Naudojimasis pagalbos ir dokumentacijos langu. 
Ketvirtoje „RStudio“ langų grupėje (pav. \@ref(fig:01-rs-langai)) atsidarome kortelę „Help“ (1), įvedame dominančios funkcijos pavadinimą (2) ir iš iššokusio sąrašo pasirenkame patikslintą temą (3) arba tiesiog paspaudžiame <kbd>Enter</kbd>.
Raidėmis pažymėtos dalys paaiškintos tekste. 
Dažnai naudingiausia dalis yra pavyzdžiai (G).

Pav. 6.7: Naudojimasis pagalbos ir dokumentacijos langu. Ketvirtoje „RStudio“ langų grupėje (pav. 6.1) atsidarome kortelę „Help“ (1), įvedame dominančios funkcijos pavadinimą (2) ir iš iššokusio sąrašo pasirenkame patikslintą temą (3) arba tiesiog paspaudžiame Enter. Raidėmis pažymėtos dalys paaiškintos tekste. Dažnai naudingiausia dalis yra pavyzdžiai (G).

Funkcijos dokumentacijos dalys, kurias įprastai turi aprašymas pagalbos lange (atitinka raidinius pav. 6.7 žymėjimus):

  1. Pačiame viršuje – funkcijos ir paketo, iš kurio ta funkcija paimta, pavadinimai tokiu formatu funkcija {paketas};
  2. Aprašo pavadinimas (kuriame įprastai atsispindi funkcijos esmė);
  3. Skiltis Description – trumpas aprašas, ką funkcija atlieka;
  4. Skiltis Usage – „R“ kalbos sintaksė, kaip naudoti tą funkciją;
  5. Skiltis Arguments – funkcijos argumentų aprašymas;
  6. Skiltis Value – rezultato, kurį sukuria funkcija, aprašymas;
  7. Skiltis Examples – tai turbūt pati naudingiausia skiltis, kurioje yra programos kodo pavyzdžiai, rodantys kaip naudoti šią funkciją;
  8. Paketo pavadinimas ir versija.

Priklausomai nuo aprašo, jo dalių skaičius gali būti kitoks.

Paprastoji paieška programiškai. Komandų lange parašome komandą help(), o jos skliaustuose – dominančios funkcijos pavadinimą. „R“ ieško funkcijos aprašymų šiuo metu užkrautuose paketuose, todėl šis paieškos būdas labai spartus.

Sakykime, norime apskaičiuoti medianą, bet nežinome, kaip naudojama funkcija median(). Rašome komandą:

help(median)

Kaip alternatyva gali būti naudojamas klaustuko operatorius:

?median

Išplėstinė paieška programiškai. Jei paprastoji paieška aprašymo neranda, galite mėginti dviejų klaustukų operatorių, kurio pagalba aprašo ieškoma visoje „R“ dokumentacijoje:

??median

Šio tipo paieška žymiai lėtesnė, tad procesas gali užtrukti.

Plačiau apie „R“ pagalbos sistemą ir kaip ja naudotis rašoma straipsnyje „Getting Help with R“ bei forumo temoje „How to get help in R?“ .

Užduotis 6.5 Nustatykite, ką atlieka ir kaip naudojamos (peržiūrėkite pavyzdžius) funkcijos sd(), max(), matrix() bei kokiame pakete jos yra.

6.6 Darbinė aplinka ir langas Environment

Darbinė aplinka (angl. workspace) yra darbinės kompiuterio atminties dalis, kurioje programa „R“ saugo objektus (pvz., duomenų lenteles). Paprastai tariant, tai „R“ „atmintis“. Objektais vadinama viskas, ką galima išsaugoti šioje atmintyje. Lange „Environment“ galime matyti šiuo metu darbinėje aplinkoje esančių objektų pavadinimus. Šis langas taip pat leidžia objektus ištrinti, įkelti bei peržiūrėti.


Video epizodas 6.3 „RStudio“ langas „Environment“.


Užduotis 6.6 1. Kaip naudojantis „Environment“ langu galima: a. pažiūrėti į duomenų lentelės struktūrą? b. atsidaryti duomenų lentelės peržiūros langą? Kokia komanda atlieka analogišką veiksmą? c. peržiūrėti objektus, esančius užkrautame funkcijų pakete (package)? d. peržiūrėti objektus, esančius darbinėje aplinkoje? e. išsaugoti objektus, esančius darbinėje aplinkoje? 2. Kuo skiriasi „Environment“ lango režimai „Grid“ ir „List“? 3. „Environment“ lange matote šitokią juostą:
Ar tai reiškia, kad objektai pagal jų pavadinimą išdėstyti mažėjimo tvarka? 4. Ar tiesa, kad duomenų byla, turinti plėtinį („bylos pavadinimo galą“) .RData, yra byla su R komandų istorija?

6.7 Darbas su aplankais ir bylomis

6.7.1 Aplankas ir katalogas

Kompiuteryje susistemintam duomenų ir kitokių bylų saugojimui yra naudojami aplankai (ang. folder) Aplankuose įprastai būna bylos arba kiti aplankai (poaplankiai). Katalogas (angl. directory) – tai aplankas, kuriame gali būti saugomos bylos (angl. files). Aplankas yra platesnė sąvoka, apimanti virtualiuosius aplankus (pvz., spausdintuvo aplanką) ir katalogus.

Šio kurso rėmuose žodžius „aplankas“ ir „katalogas“ („direktorija“) vartosime kaip simonimus.

Dirbant su „RStudio“ reikia skirti bent 3 rūšių aplankus:

  1. Aktyvųjį aplanką (angl, working directory);
  2. Pradžios aplanką (žymimas bangele „~“: „windows“ tai aplankas „Mano dokumentai“, „Linux“, „MacOS“ – aplankas „Home“);
  3. Aplanką, rodomą „RStudio“ lange „Files“.

Kartais visi trys aplankai iš tiesų gali būti tas pats aplankas, o kartais – skirtingi.

6.7.2 Aktyvusis aplankas

Duomenų nuskaitymo ir išsaugojimo prasme aktyvusis aplankas – pats svarbiausias. Tai tarsi atspirties taškas. Galima sakyti, kad tai tas aplankas, kurį šiuo metu yra atsidariusi programa „R“. Kodėl svarbu žinoti, koks dabartinis aktyvusis aplankas? Tarkime, kad atlikdami savo kursinį darbą skaičiavote kovų lizdus parke ir duomenis įrašėte į „Excel“ bylą „kovai.xlsx“. Jei programai „R“ liepsite nuskaityti šią bylą ir nenurodysite, kuriame aplanke jos ieškoti, „R“’as ieškos darbiniame aplanke. Tad norėdami nuskaityti šią bylą, turėsite ją įkelti į darbinį aplanką. Toliau tarkime, kad nusibraižėme grafiką, kuriame atvaizduotas kovų lizdų skaičius balandžio, gegužės ir birželio mėnesiais. Dabar norime jį išsaugoti. Ir jei nenurodome konkretaus aplanko, spėkite, kur „R“’as išsaugos paveikslą! Ogi į akryvųjį aplanką.

Aktyvusis aplankas yra aplankas, kuriame pagal nutylėjimą „R“ ieško duomenų, programos kodų ir kitų bylų arba į kurį išsaugo bylas bylas pirmiausia (nebent išraikštai nurodome kitaip).

6.7.3 Kaip žinoti, kuris aplankas yra aktyvysis?

Norėdami žinoti, kuris aplankas šiuo metu yra aktyvusis, pažiūrėkite, kas parašyta „RStudio“ lango “Console” viršuje 6.8.

Dabartinis aktyvusis aplankas nurodytas „Console“ lange.

Pav. 6.8: Dabartinis aktyvusis aplankas nurodytas „Console“ lange.

Bangelė „~“ aplanko pavadinime įprastastai reiškia, kad tai aplankas „Mano dokumentai“ arba „Home“ (žr. skyrių 6.7.5).

Norint sužinoti darbinį aplanką programiškai, naudojama komanda getwd() (nuo get working directory):

getwd()
## [1] "D:/Dokumentai/R/pratybos-r-2020-OK"

6.7.4 Aktyviojo aplanko keitimas

Aktyvūjį aplanką galime pakeisti naudodamiesi „RStudio“ meniu. Šiuo aplanku gali tapti (skaičiai atitinka pav. 6.9):

  1. Pagrindinis projekto aplankas;
  2. Bylos, kuri atidaryta redaktoriaus lange, saugojimo aplankas;
  3. Aplankas, atidarytas 4 langų grupės „Files“ lange.
  4. Kitas aplankas, kurį pasirinksite
Aktyviojo aplanko keitimas programa „RStudio“.

Pav. 6.9: Aktyviojo aplanko keitimas programa „RStudio“.

Taip pat galime naudoti komandą setwd(), pvz.:

setwd("/path/to/my/directory")

Arba, jei naudojame „Windows“:

setwd("c:/Documents/my/working/directory")

Programai „R“ aplankų pavadinimus reikia nurodyti naudojant arba vieną į dešinę pasvirusį brūkšnį /, arba du į kairę pasvirusius brūkšnius \\. Vieną į kairę pasvirusį \ brūkšnį programa interpretuos kaip specialiojo simbolio pradžią. Tokiu atveju labiausiai tikėtinas rezultatas – klaida. Todėl pradedantiesiems rekomenduoju darbinį aplanką pasirinkti naudojant „RStudio“ mygtukus (žr. video medžiagą).

# Teisingai, nes /
setwd("D:/Dokumentai/R/")
# Teisingai, nes \\
setwd("D:\\Dokumentai\\R\\")
# Klaida, nes vienas \
setwd("D:\Dokumentai\R\")

Dirbant „R Markdown“ dokumentuose „Notebook“ režimu, aktyvusis aplankas nustatomas kitaip. Tai bus aptariama atskirame skyriuje.

Jei naudojate „RStudio“ projektus, įprastai projekto aplankas parenkamas kaip pagrindinis aktyvusis aplankas.

6.7.5 Pradžios aplankas

Pradžios aplankas „Windows“ sistemoje tai pagrindinis jūsų vartotojo dokumentų aplankas („My documents“ arba „Dokumentai“). Šis aplankas ypatingas tuo, kad jo pavadinimas trumpinamas bangele (~):

setwd("~")
getwd()
## [1] "D:/Dokumentai"

Kaip matote, mano kompiuteryje, tai aplankas „D:/Dokumentai“. Kitas pavyzdys:

setwd("~/R")
getwd()
## [1] "D:/Dokumentai/R"

Kiekvieną kartą paleidus programą „R“, jūsų namų aplankas bus iš naujo pasirinktas kaip darbinis aplankas, jei konfigūruodami programą „R“ nenurodėte kitaip. Visgi, jei naudojate „RStudio“ projektus, apie kuruos rašoma 6.11 skyriuje, pagrindinis projekto, o ne namų, aplankas taps darbiniu.

6.7.6 Langas Files

Šis langas yra naudojamas kaip bylų ir aplankų naršyklė.

Reikia žinoti, kad šiame lange rodomas aplankas nebūtinai yra aktyvusis ar pradžios. Tad jei bandote išsaugoti bylą į darbinį aplanką ir ji lange „Files“ neatsiranda net paspaudus mygtuką „Atnaujinti“ , patikrinkite, koks iš tiesų yra jūsų aktyvusis aplankas ir ar jis sutampa su atidarytu lange „Files“.


Video epizodas 6.4 „RStudio“ langas „Files“.

Užduotis 6.7

  1. Nustatykite, koks dabartinis jūsų aktyvusis aplankas.
  2. Naudodamiesi tik „RStudio“ langais, aktyviajame aplanke sukurkite naują aplanką, pavadinimu „duomenu-issaugojimui“.
  3. Naudodamiesi tik „RStudio“ langais, aplanką „duomenu-issaugojimui“ paverskite aktyviuoju.
  4. Šiame aktyviajame aplanke išsaugokite komandų istoriją.
  5. Naudodamiesi tik „RStudio“ langais, šią bylą su komandų istorija ištrinkite.
  6. Ištrinkite ir aplanką „duomenu-issaugojimui“.
  7. Koks aplankas dabar tapo aktyviuoju?


6.8 Spartieji RStudio klavišai

Šiame skyriuje pateikta keletas naudingų sparčiųjų „RStudio“ klavišų kombinacijų.

Lentelė 6.1: Keletas sparčiųjų „RStudio“ klavišų kombinacijų.
KlavišaiReikšmėKomentaras
Alt+-Įterpti priskyrimo operatorių <-.
Ctrl+Shift+MĮterpti jungimo į grandinę operatorių %>%.Apie operatorių rašoma 8.3 skyriuje.
Ctrl+EnterVykdyti kodą eilutėje, kurioje yra pelės žymeklis / Vykdyti pažymėtą programos kodo dalįRedaktoriaus lange.
Ctrl+Shift+CĮterpti arba pašalinti komentaro ženklą.
(po to ir )Naršyti komandų istorijoje.Lange „Console“.
Ctrl+Naršyti komandų istorijoje (atidarant pasirinkimų langą).Lange „Console“. Norėdami susiaurinti paiešką, parašykite kelias buvusios komandos raides ir tik po to naudokite šią kombinaciją.
F1Rodyti informaciją apie komandą (funkciją) lange „Help“.Pelės žymeklis turi būti užvestas ant tos komandos pavadinimo arba visa komanda turi būti pažymėta.
Ctrl+LIšvalyti komandų langą.
Ctrl+ZAnuliuoti veiksmą (angl., undo).
Ctrl+Shift+ZPanaikinti anuliavimą (angl., redo).Kitose Windows programose tam įprastai naudojama kombinacija Ctrl+Y.
Ctrl+FTeksto paieška redaktoriaus lange.
Ctrl+Shift+FTeksto paieška projekto dokumentuose.
Ctrl+Shift+APagal „R“ stiliaus („raštvedybos“) taisykles suformatuoti („pagražinti“) programos kodą.Pirmiausia pele reikia pažymėti koreguotiną programos kodo vietą.
Ctrl+IPagal „R“ stiliaus taisykles nuo krašto atitraukti reikiamas pažymėtas „R“ kodo eilutes („pagražina“).Pirmiausia pele reikia pažymėti koreguotiną programos kodo vietą.
Ctrl+Shift+1Padidinti/Sumažinti redaktoriaus langą.Turi būti įjungta angliška (bet ne lietuviška) klaviatūra, o kombinacijoje naudojamas skaičius spaudžiamas pagrindinėje klaviatūroje (virš raidžių, ne šone).
Ctrl+Shift+2Padidinti/Sumažinti komandų langą.Žr. komentarą ties Ctrl+Shift+1.
Alt+Shift+KRodyti visas „RStudio“ greitųjų klavišų kombinacijas.

6.9 Įskiepiai

„RStudio“ įskiepiai (angl. add-ins) – tai su „R“ paketais įdiegiami priedai, kurie padidina funkcionalumą. Gali būti naudojami paspaudus „RStudio“ mygtuką „Addins“ (pav. 6.10) arba sukuriant greitųjų klavišų kombinaciją (pav. 6.11).

Žemiau pateiktuose pavyzdžiuose rodomi paketo addins.rs įskiepiai. Paketo diegimo instrukcijos pateiktos paketo svetainėje . Atkreipkite dėmesį, kad paketas diegiamas ne iš „CRAN“, o iš „GitHub“.

Užduotis 6.8

  1. Peržiūrėkite, kaip atrodo „RStudio“ „Addins“ (įskiepių) meniu prieš įsidiegiant paketą addins.rs. Jei reikia, paketą pašalinkite.
  2. Pagal paketo svetainėje pateiktą informaciją įsidiekite paketą addins.rs.
  3. Patikrinkite, kaip apsikeitė įskiepių meniu.


„RStudio“ įskiepiai.
Norint naudoti įskiepius (angl. *add-ins*), turi būti įdiegtas paketas su šio tipo priedais $(A)$.
Paketo užkrauti nereikia, užtenka, kad jis būtų įdiegtas.
Tada naudojant mygtuką „Addins“ $(B)$ galima atidaryti įskiepių meniu $(C)$.
Jame matome įskiepių paieškos laukelį $(C_1)$, paketo su įskiepiais pavadinimą $(C_2)$, po kuriuo išvardinti tame pakete esantys įskiepiai $(C_3)$. 
Palaikius pelės žymeklį virš įskiepio pavadinimo, pasirodo trumpas įskiepio aprašymas $(C_4)$.
Pavyzdyje $(C_1)$ įrašyta „{RS}“, todėl rodomi tik paketo **_addins.rs_** įskiepiai.  
Pašalinus paketą ($A_1$ -- paketo pašalinimo mygtukas), iš sąrašo pranyksta ir to paketo įskiepiai.

Pav. 6.10: „RStudio“ įskiepiai. Norint naudoti įskiepius (angl. add-ins), turi būti įdiegtas paketas su šio tipo priedais \((A)\). Paketo užkrauti nereikia, užtenka, kad jis būtų įdiegtas. Tada naudojant mygtuką „Addins“ \((B)\) galima atidaryti įskiepių meniu \((C)\). Jame matome įskiepių paieškos laukelį \((C_1)\), paketo su įskiepiais pavadinimą \((C_2)\), po kuriuo išvardinti tame pakete esantys įskiepiai \((C_3)\). Palaikius pelės žymeklį virš įskiepio pavadinimo, pasirodo trumpas įskiepio aprašymas \((C_4)\). Pavyzdyje \((C_1)\) įrašyta „{RS}“, todėl rodomi tik paketo addins.rs įskiepiai.
Pašalinus paketą (\(A_1\) – paketo pašalinimo mygtukas), iš sąrašo pranyksta ir to paketo įskiepiai.

Reikiami įskiepiai atsiranda tik tada, kai įdiegiami atitinkami „R“ paketai.

„RStudio“ greitųjų klavišų kombinacijų pasirikimas arba keitimas. 
Pavyzdyje paketo **_addins.rs_** įskiepiai, ir kai kurios klavišų kombinacijos, kokias priskyriau savo kompiuteryje.

Pav. 6.11: „RStudio“ greitųjų klavišų kombinacijų pasirikimas arba keitimas. Pavyzdyje paketo addins.rs įskiepiai, ir kai kurios klavišų kombinacijos, kokias priskyriau savo kompiuteryje.

Daugiau informacijos apie greitųjų „RStudio“ klavišų kombinacijų keitimą galite rasti „RStudio“ pagalbos tinklalapyje „Customizing Keyboard Shortcuts“ . Apie pačius įskiepius – tiek naudojimą, tiek kūrimą – svetainėje „RStudio Addins“ .

6.10 Kodo fragmentai

Kodo fragmentai (angl. snippets) – tai įrankis, kurio pagalba galite įterpti dažnai naudojamo kodo ruošinį. Įrankis veikia tokiu principu:

  1. įrašomas raktinis žodis (pvz., fun skirtas naujos funkcijos apibrėžimui);
  2. paspaudus kombinaciją Shift+Tab įterpiamas programos kodo ruošinys, kurį reikia modifikuoti;
  3. spaudžiant Tab klavišą, pereinama vis į kitą laukelį, kurį reikia užpildyti kodo fragmente.
Užduotis 6.9 „RStudio“ lange „Console“ išbandykite, kaip veikia kodo fragmentai, įrašę kodo fragmento raktažodį fun.

Skirtingo tipo aplinkoje (pvz., „R“ kodo, „R Markdown“, „HTML“ ir kitokiuose dokumentuose) veikia skirtingi fragmentai.

„R“ kodo aplinkoje naudingiausi fragmentai:

  1. lib – paketų užkrovimui;
  2. fun – naujos funkcijos apibrėžimas;
  3. mat – matricos apibrėžimas;
  4. if, el, and ei – sąlygos sakinys „if“ ir jo komponentai (if, else, else if);
  5. switch – sąlygos sakinys „switch“;
  6. for – ciklas „for“ („su kiekvienu“);
  7. apply, lapply, sapply – „apply“ šeimos funkcijos.

„R Markdown“ aplinkos fragmentai:

  1. [ – įterpti nuorodą;
  2. ![ – įterpti paveikslą;
  3. r – įterpti „R“ kodo bloką;
  4. setup – įterpti nustatymų kodo bloką.

Apie tai, kaip naudoti, kurti, keisti kodo fragmentus, bei tai, kaip jais dalintis su kolegomis, plačiau rašoma „RStudio“ pagalbos tinklalapyje „Code Snippets“ .

Video pamoka apie kodo fragmentus (pažengusiems).

Užduotis 6.10 (Tik pažengusiems). Sukurkite naują kodo fragmentą „R“ kodo aplinkai ir išbandykite, ar jis veikia. Fragmentui kurti skirtas kodas pateiktas po šia dėžute.
snippet aa
	${1:dataset} <- ${1:dataset} %>% ${0}

6.11 RStudio projektai

Geras bruožas – duomenų analizę atlikti organizuotai. „RStudio“ turi specializuotų šiam tikslui skirtų įrankių. Vienas iš jų – „RStudio“ projektai, kurių ikona vaizduojama pav. 6.12. „RStudio“ projektas – tai aplankas jūsų kompiuteryje, skirtas kokiam nors duomenų analizės projektui. Šį aplanką programa pasižymi įkeldama bylą plėtiniu „.Rproj“ (pvz., „projektas.Rproj“), tad atidarius šią bylą atidaroma ir programa „RStudio“. Tame aplanke saugoma dalis programos nustatymų, skirtų projektui, taip pat gali būti saugomi duomenys, programos kodai ar kiti su projektu susiję dokumentai. Projektai labai pravartūs, jei tuo pačiu laikotarpiu dirbame su keliomis užduotimis, kurioms atlikti naudojame „R“, pvz., biostatistikos pratybomis, kursiniu darbu ir praktikos laboratorijoje užduotimis. Įprastai projekto aplankas laikomas aktyviuoju (darbiniu) aplanku (angl. working directory) – programa „R“ duomenų ir kitų bylų ieško būtent šiame aplanke.

„RStudio“ projekto ikona (autorių teisės gali būti saugomos).
Visos programos vietos, paženklintos šiuo simboliu, yra susijusios su projektais. 
Projekto aplanke esanti „.Rproj“ byla taip pat paženklinta šiuo simboliu.

Pav. 6.12: „RStudio“ projekto ikona (autorių teisės gali būti saugomos). Visos programos vietos, paženklintos šiuo simboliu, yra susijusios su projektais. Projekto aplanke esanti „.Rproj“ byla taip pat paženklinta šiuo simboliu.


Video epizodas 6.5 „RStudio“ projektai: kūrimas, atsidarymas ir uždarymas.


Užduotis 6.11 1. Susikurkite projektą: a. Darbiniame aplanke sukurkite naują aplanką, pavadinimu „Mano projektas“. b. Naudodamiesi „RStudio“ jau egzistuojantį aplanką „Mano projektas“ paverskite „RStudio“ projekto aplanku. Ar aplanke „Mano projektas“ atsirado byla „Mano projektas.Rproj“? Jei taip, vadinasi užduotį atlikote teisingai.

  1. Atsidarykite projektą:
    1. Atsidarykite aplanką „Pratybos_2_darbui_auditorijoje“.
    2. Atidarykite išskleistame aplanke esančią bylą „Pratybos_2_darbui_auditorijoje.Rproj“. Tokiu būdu bus atidarytas „RStudio“ projektas „Pratybos_2_darbui_auditorijoje“ (projekto pavadinimas sutaps su aplanko pavadinimu).
    3. Per „RStudio“ langą „Files“ patyrinėkite, kokie aplankai ir bylos yra atsisiųstame projekto aplanke.

„RStudio“ projektų valdymo meniu bei naujo projekto kūrimas vaizduojami pav. 6.13 ir 6.14.

Darbo su „RStudio“ projektais pagrindai.

Pav. 6.13: Darbo su „RStudio“ projektais pagrindai.


Naujo „RStudio“ projekto kūrimo žingsniai. 
Punktus 1-4, 7 ir 8 pasirenkame pele, nurodome naujo projekto (5) ir aplanko, kuriame jis bus sukurtas (6) pavadinimus. 
7 -- jei varnelė uždėta, dabartinis projektas liks atidarytas. 
Bangelė aplanko pavadinime nurodom jog tai „Dokumentai“/„My documents“ (sistemoje „Windows“) arba pradžios (*Home*) aplankas (sistemose „Linux“, „Mac“).

Pav. 6.14: Naujo „RStudio“ projekto kūrimo žingsniai. Punktus 1-4, 7 ir 8 pasirenkame pele, nurodome naujo projekto (5) ir aplanko, kuriame jis bus sukurtas (6) pavadinimus. 7 – jei varnelė uždėta, dabartinis projektas liks atidarytas. Bangelė aplanko pavadinime nurodom jog tai „Dokumentai“/„My documents“ (sistemoje „Windows“) arba pradžios (Home) aplankas (sistemose „Linux“, „Mac“).

Būsimų pratybų metu jums bus duodami „RStudio“ projektai, suarchyvuoti (.zip) formatu. Prieš juos atsidarant, archyvų turinį būtina išskleisti („iš’zip’inti“) į atskirą aplanką, projektą atsidaryti ir atkreipti dėmesį į tai, koks atsidariusio projekto pavadinimas (pav. 6.15). Jei pavadinime yra archyvo plėtinys, pvz., „.zip“, vadinasi projektas atsidarytas ne taip, kaip reikia, ir kils problemų dirbant. Sprendimas: projektą uždaryti, „zip“ archyvo turinį išarchyvuoti („iš’zip’inti“) į atskirą aplanką ir projektą atidaryti iš šio naujojo aplanko.

„RStudio“ projekto pavadinimas.
Užkrovus „RStudio“ projektą, matomas aplanko, kuriame yra projektas, pavadinimas (tarkime „Pratybos-2“).
Jei projektas neužkrautas, matome užrašą „**`Project: (none)`**“.
Jei projektą užkrauname iš bylos, kuri yra suarchyvuota (t. y., užkrauname netinkamai), tai projekto pavadinime yra archyvo bylos plėtinio (*.zip*, *.rar* ar pan.) pavadinimas: projektas užkrautas neteisingai, kils problemų dirbant, todėl nedelsdami uždarykite šį projektą, išarchyvuokite aplanką (visas aplanko turinys turi būti atskirame aplanke) ir atsidarykite tinkamai.<!-- FIXME: parašyti paprasčiau, aiškiau. -->
Tinkamai užkrauto projekto pavadinimas -- tai projekto aplanko (o ne „.Rproj“ bylos) pavadinimas.

Pav. 6.15: „RStudio“ projekto pavadinimas. Užkrovus „RStudio“ projektą, matomas aplanko, kuriame yra projektas, pavadinimas (tarkime „Pratybos-2“). Jei projektas neužkrautas, matome užrašą „Project: (none)“. Jei projektą užkrauname iš bylos, kuri yra suarchyvuota (t. y., užkrauname netinkamai), tai projekto pavadinime yra archyvo bylos plėtinio (.zip, .rar ar pan.) pavadinimas: projektas užkrautas neteisingai, kils problemų dirbant, todėl nedelsdami uždarykite šį projektą, išarchyvuokite aplanką (visas aplanko turinys turi būti atskirame aplanke) ir atsidarykite tinkamai. Tinkamai užkrauto projekto pavadinimas – tai projekto aplanko (o ne „.Rproj“ bylos) pavadinimas.

Kartais (pvz., diegiantis paketus) projektą reikia uždaryti. Taip pat programa „RStudio“ suteikia galimybę greituoju būdu atsidaryti iki 10 naujausių projektų. Kaip tai padaryti vaizduojama pav. 6.16.

Projekto uždarymas ir neseniai uždaryto projekto atvėrimas.
Pasirenkame ikoną, ties kuria -- dabartinio projekto pavadinimas (1).
Norėdami užverti projektą, renkamės „Close Project“ (2).
Iki 10 vėliausiai naudotų projektų matome sąraše žemiau (pavyzdyje tik vienas projektas, pavadintas „Pratybos-2“).
Vėliau norėdami atverti vieną iš šių 10 projektų, galime spustelėti arba patį projekto pavadinimą (3) arba ikoną ties juo (4):
(3) projektą atvers dabartiniame lange, o (4) -- naujame (dabartinis irgi liks atidarytas).

Pav. 6.16: Projekto uždarymas ir neseniai uždaryto projekto atvėrimas. Pasirenkame ikoną, ties kuria – dabartinio projekto pavadinimas (1). Norėdami užverti projektą, renkamės „Close Project“ (2). Iki 10 vėliausiai naudotų projektų matome sąraše žemiau (pavyzdyje tik vienas projektas, pavadintas „Pratybos-2“). Vėliau norėdami atverti vieną iš šių 10 projektų, galime spustelėti arba patį projekto pavadinimą (3) arba ikoną ties juo (4): (3) projektą atvers dabartiniame lange, o (4) – naujame (dabartinis irgi liks atidarytas).

Norėdami peržiūrėti dabartinio projekto aplanko turinį arba šį aplanką atsidaryti iš programos „RStudio“, naudokitės pav. 6.17 pateiktomis instrukcijomis.

Aplanko peržiūra ir atidarymas.
Programos „RStudio“ 4 langų grupėje (pav. \@ref(fig:01-rs-langai)) pasirinkite „Files“ kortelę (1).
Joje matysite šiuo metu *peržiūrimo* aplanko pavadinimą (2).
Namuko simbolis ir užrašas „Home“ (analogiškai kaip ir bangelė) sistemoje „Windows“ žymi jūsų dokumentų aplanką.
Paspaudę kortelėje esančią projekto ikoną (3), pamatysite bylas ir aplankus, esančius jūsų projekto aplanke.
Jei dirbate ne projekte, ikonos nebus.
    Toliau dirbant langas privalo būti pakankamai didelis, kad matytųsi visi mygtukai.
Jei nesimato, langą reikia praplatinti: užveskite pelės žymeklį ties riba tarp dviejų langų, kol žymeklio ikona pasikeis (4) ir paspaudę pele ribą patempkite iki tol, kol langas taps reikiamo dydžio.
    Norėdami peržiūrimą aplanką atidaryti, spauskite mygtuką „More“ (5).
Atsidariusiame meniu pasirinkite komandą „Show Folder in New Window“ (6).
Aplankas atsidarys įprastu būdu, t. y., pagrindine jūsų kompiuterio sistemos aplankų peržiūrėjimo programa.

Pav. 6.17: Aplanko peržiūra ir atidarymas. Programos „RStudio“ 4 langų grupėje (pav. 6.1) pasirinkite „Files“ kortelę (1). Joje matysite šiuo metu peržiūrimo aplanko pavadinimą (2). Namuko simbolis ir užrašas „Home“ (analogiškai kaip ir bangelė) sistemoje „Windows“ žymi jūsų dokumentų aplanką. Paspaudę kortelėje esančią projekto ikoną (3), pamatysite bylas ir aplankus, esančius jūsų projekto aplanke. Jei dirbate ne projekte, ikonos nebus. Toliau dirbant langas privalo būti pakankamai didelis, kad matytųsi visi mygtukai. Jei nesimato, langą reikia praplatinti: užveskite pelės žymeklį ties riba tarp dviejų langų, kol žymeklio ikona pasikeis (4) ir paspaudę pele ribą patempkite iki tol, kol langas taps reikiamo dydžio. Norėdami peržiūrimą aplanką atidaryti, spauskite mygtuką „More“ (5). Atsidariusiame meniu pasirinkite komandą „Show Folder in New Window“ (6). Aplankas atsidarys įprastu būdu, t. y., pagrindine jūsų kompiuterio sistemos aplankų peržiūrėjimo programa.

Papildoma. Plačiau apie „RStudio“ projektus galite skaityti „RStudio“ pagalbos tinklalapyje .

Užduotis 6.12

  1. Susikurkite naują „RStudio“ projektą pavadinimu „Pratybos-1“ .


Papildomos informacijos apie „RStudio“ projektus galite rasti šiame straipsnyje .

6.11.1 Projekto konfigūravimas

.Rproj byla

Savo projekto konfigūracijos bylą „.Rproj“ galite sukurti ar atverti naudodami kodą:

usethis::edit_r_profile(scope = "project")

Byloje galite parašyti programos kodą, kurį norite, kad programa įvykdytų, kai atidaromas „RStudio“ projektas. Venkite kodo, dėl kurio gali užstrigti programa. Kai parašote reikiamas komandas, tam, kad jos suveiktų, bylą išsaugokite, o programą „RStudio“ perkraukite (išjunkite ir vėl įjunkite).

6.11.2 Projektai ir atnaujinimai

Jei vykdysite programos „R“ paketų atnaujinimą, pirmiausia įsitikinkite, kad atidarytas tik vienas „RStudio“ langas (pvz., tik vienas projektas, viena sesija). Kitu atveju visus papildomus langus išjunkite. Likus tik vienam langui, siūlau apskritai išeiti iš „RStudio“ projekto ir atnaujinimą vykdyti ne projekte, nes kartais projektai užkrauna kai kuriuos reikiamus paketus. Jei esate įsitikinę, kad atnaujinimą saugu atlikti projekte, mažų mažiausiai turėtumėte perkrauti „R“ sesiją (pvz., paspausti Ctrl+Shift+F10), ir tik tada siųstis naujus paketus.

Klausimai ir komentarai


  1. Šis paaiškinimas yra smarkiai supaprastintas. Tikslesnį galite rasti šiame žodyne (nuoroda ).↩︎